LXL04_033048 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033048

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 35038147-35039937 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1791 bp · LXL04_033048|LXL04_033048|OH1004|cDNA

ATGATGTTTATATGGTTGCTTATTTTCATCAACTCGATCAACTCAAGCCATGAACAAGCATTCTATGACGCAACATCTTGTCGAGATGATGGCAATGCTCCAGGGACAAGGTACACTTGCACTAACACCACGTTGACCAAGATGTCATGCCAGACTTTCTTGATTTTCCGAACAAACCATCAGTTTCCGACCATCTCCACCATCGCCACCTTGTTTGGACTGCCACCCGACACCTTACTTGAGTTAAACGTCCACATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1791 bp · LXL04_033048|LXL04_033048|OH1004|CDS

ATGATGTTTATATGGTTGCTTATTTTCATCAACTCGATCAACTCAAGCCATGAACAAGCATTCTATGACGCAACATCTTGTCGAGATGATGGCAATGCTCCAGGGACAAGGTACACTTGCACTAACACCACGTTGACCAAGATGTCATGCCAGACTTTCTTGATTTTCCGAACAAACCATCAGTTTCCGACCATCTCCACCATCGCCACCTTGTTTGGACTGCCACCCGACACCTTACTTGAGTTAAACGTCCACATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

596 aa · LXL04_033048|LXL04_033048|OH1004|PROTEIN

MMFIWLLIFINSINSSHEQAFYDATSCRDDGNAPGTRYTCTNTTLTKMSCQTFLIFRTNHQFPTISTIATLFGLPPDTLLELNVHIDSSSETLLTDKEVLVPVTCSCSDNFFQAKVNYTVTGNTTLSDTACGVFEGLVKTVTLLEENQNQEVFEVGFVLNVPLKCACPNNGYKYLVTYPLVSGDSVMPVSAKFGISIDDILAVNNLNLDTTVYPETTILVPLRSKPMLNFDVPIFRPPTPGFLPTKQTEGNIKSTKLKKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033048`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033048

位置 Chr07:35038147-35039937 (-)

描述 Similar to LYK4: LysM domain receptor-like kinase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g23770`	赖氨酸基序受体激酶，在几丁质激发子信号传导中充当细胞表面受体，导致先天免疫。	LYK4, a lysin motif receptor-like kinase, is important for chitin signaling and plant innate immunity in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201699
`At2g33580`	可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。	暂无已核实直接文献
`At3g01840`	可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。	暂无已核实直接文献
`At3g21630`	含LysM结构域的受体样激酶，参与几丁质及几丁寡糖介导的信号转导和先天免疫，并参与对盐胁迫、重金属及灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）的抗性。	CERK1, a LysM receptor kinase, is essential for chitin elicitor signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705147104 AvrPtoB targets the LysM receptor kinase CERK1 to promote bacterial virulence on plants.2009 · DOI: 10.1016/j.cub.2009.01.054 The lysin motif receptor-like kinase (LysM-RLK) CERK1 is a major chitin-binding protein in Arabidopsis thaliana and subject to chitin-induced phosphorylation.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.116657 Arabidopsis lysin-motif proteins LYM1 LYM3 CERK1 mediate bacterial peptidoglycan sensing and immunity to bacterial infection.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112862108 The LysM receptor-like kinase LysM RLK1 is required to activate defense and abiotic-stress responses induced by overexpression of fungal chitinases in Arabidopsis plants.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss021 Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113 Selective regulation of the chitin-induced defense response by the Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase PBL27.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12535

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033048 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002752 cell surface pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0032491 detection of molecule of fungal origin 生物过程

GO:0032499 detection of peptidoglycan 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23770

ath:AT2G33580

ath:AT3G01840

ath:AT3G21630

mtr:11410973

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.741

排名 1 · LXL04_033048 · OH-1004

内质网0.118

排名 2 · LXL04_033048 · OH-1004

细胞质0.084

排名 3 · LXL04_033048 · OH-1004

溶酶体／液泡0.072

排名 4 · LXL04_033048 · OH-1004

细胞核0.057

排名 5 · LXL04_033048 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23446.2LysM1_NFP_LYK49-107 aa

PF23472.2LysM2_CERK1_LYK3_4_5111-164 aa

PF23473.2LysM3_LYK4_5174-222 aa

PF23462.2LysM3_NFP174-221 aa

PF01476.27LysM182-221 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr384-457 aa

PF00069.32Pkinase384-457 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033048	`PF23446.2`	LysM1_NFP_LYK	49	107	1.8e-21	77.5
LXL04_033048	`PF23472.2`	LysM2_CERK1_LYK3_4_5	111	164	3.7e-13	49.9
LXL04_033048	`PF23473.2`	LysM3_LYK4_5	174	222	4.1e-12	46.7
LXL04_033048	`PF23462.2`	LysM3_NFP	174	221	8e-06	27.0
LXL04_033048	`PF01476.27`	LysM	182	221	1.6e-10	41.5
LXL04_033048	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	384	457	5.1e-10	39.8
LXL04_033048	`PF00069.32`	Pkinase	384	457	1.7e-07	31.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64825`	拟南芥	LysM domain receptor-like kinase 4	30.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22808`	拟南芥	Protein LYK5	29.402%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SGI7`	拟南芥	Protein LYK2	25.361%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A8R7E6`	拟南芥	Chitin elicitor receptor kinase 1	24.655%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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