LXL04_032941 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032941

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31981867-31983485 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1374 bp · LXL04_032941|LXL04_032941|OH1004|cDNA

ATGGCCGACGAAAGTCCAACCACCGCACCTCCGCCGGAAATGGCAGCCGAGCAACCCATTTCCTCTCACCCTCCATcatcaccaccgccacctggtTCTGTAACCGAGAACGAAAGCCCACATTCACCAccatccaccaccaccaccttagGCCACGTCATCGAACAACCAGAAAATTCCATGCCCAATGAACCCACAAAAACCCCTGAACCAATGACTTCTTTCAAAGAAGAAAGCAACCAAATCAAAGACCTTTCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1374 bp · LXL04_032941|LXL04_032941|OH1004|CDS

ATGGCCGACGAAAGTCCAACCACCGCACCTCCGCCGGAAATGGCAGCCGAGCAACCCATTTCCTCTCACCCTCCATCATCACCACCGCCACCTGGTTCTGTAACCGAGAACGAAAGCCCACATTCACCACCATCCACCACCACCACCTTAGGCCACGTCATCGAACAACCAGAAAATTCCATGCCCAATGAACCCACAAAAACCCCTGAACCAATGACTTCTTTCAAAGAAGAAAGCAACCAAATCAAAGACCTTTCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

457 aa · LXL04_032941|LXL04_032941|OH1004|PROTEIN

MADESPTTAPPPEMAAEQPISSHPPSSPPPPGSVTENESPHSPPSTTTTLGHVIEQPENSMPNEPTKTPEPMTSFKEESNQIKDLSVSEKNSLNDFKHFLQEAITKKDFTFLPESEVISIWGVPLLKDERTDVILLKFLRARDFKVKDSFTMLKDTLQWRQTFNIDSLLDENLGDDLEKFVFMHGFDKEGHPVCYNVYGEFQNKELYQKTFSDGESRLKLLRWRIQFLERSIRKLDFTPGGVNTIFQINDLKNSPGPAKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032941`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032941

位置 Chr07:31981867-31983485 (-)

描述 Similar to PATL5: Patellin-5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g09160`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g72160`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g22530`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g72150`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	Patellin1, a novel Sec14-like protein, localizes to the cell plate and binds phosphoinositides.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045369
`At1g30690`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032941 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:1901703 protein localization involved in auxin polar transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22530

ath:AT1G30690

ath:AT1G72150

ath:AT1G72160

ath:AT4G09160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.460

排名 1 · LXL04_032941 · OH-1004

细胞核0.179

排名 2 · LXL04_032941 · OH-1004

细胞膜0.170

排名 3 · LXL04_032941 · OH-1004

内质网0.142

排名 4 · LXL04_032941 · OH-1004

质体0.105

排名 5 · LXL04_032941 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03765.22CRAL_TRIO_N93-155 aa

PF00650.26CRAL_TRIO179-336 aa

PF13716.12CRAL_TRIO_2266-341 aa

PF25099.2GOLD_PATL1_C360-444 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032941	`PF03765.22`	CRAL_TRIO_N	93	155	7.6e-12	45.9
LXL04_032941	`PF00650.26`	CRAL_TRIO	179	336	1.7e-28	100.1
LXL04_032941	`PF13716.12`	CRAL_TRIO_2	266	341	9.5e-06	26.7
LXL04_032941	`PF25099.2`	GOLD_PATL1_C	360	444	5.1e-37	126.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0R2`	拟南芥	Patellin-5	68.286%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q56Z59`	拟南芥	Patellin-3	60.793%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q56ZI2`	拟南芥	Patellin-2	51.312%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q56WK6`	拟南芥	Patellin-1	51.327%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94C59`	拟南芥	Patellin-4	49.708%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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