LXL04_032694 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032694

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27934673-27937598 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1560 bp · LXL04_032694|LXL04_032694|OH1004|cDNA

ATGGCCGATGAAAGCGCAGCGACACCCAAAAGAGACCCCATCAAGAATCCCGTTGGGAGCACTGCTGCACAAAAGAGAAAACAAAATGCAGTCTCAGTCGGTAAAGAACGAAGAGAAGCTTTATTCAGAACCAAACGACTATGTAGAGCAGGAGTCAGCACCGATACAGACATTCCCATTGATGATAACGACATGATGATAGAAGAAGAACAATCAATTCTAGAGTCCCAAACTACTTCAGCTGTCCAAGAATTAAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1560 bp · LXL04_032694|LXL04_032694|OH1004|CDS

ATGGCCGATGAAAGCGCAGCGACACCCAAAAGAGACCCCATCAAGAATCCCGTTGGGAGCACTGCTGCACAAAAGAGAAAACAAAATGCAGTCTCAGTCGGTAAAGAACGAAGAGAAGCTTTATTCAGAACCAAACGACTATGTAGAGCAGGAGTCAGCACCGATACAGACATTCCCATTGATGATAACGACATGATGATAGAAGAAGAACAATCAATTCTAGAGTCCCAAACTACTTCAGCTGTCCAAGAATTAAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

519 aa · LXL04_032694|LXL04_032694|OH1004|PROTEIN

MADESAATPKRDPIKNPVGSTAAQKRKQNAVSVGKERREALFRTKRLCRAGVSTDTDIPIDDNDMMIEEEQSILESQTTSAVQELNLAITFQGKGAVQKKVNALRELRRLLSKSEFPPIETAIKSGAIPLLAQCLSFGSQHEQLLEAAWCLTNIAAGKPEETRALLPALPLLIAHIGEKSSVPVAEQCAWAIGNVAGEGDELRQILISQGALLPLAKMMLPNKGSTVRTAAWALSNLIKGPDPKAATELIKVDGVVEAIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032694`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032694

位置 Chr07:27934673-27937598 (+)

描述 Similar to IMPA9: Importin subunit alpha-9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03070`	结合常规核定位信号（NLS）基序，并介导蛋白穿过核膜的核内导入（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g02690`	结合常规核定位信号（NLS）基序，并介导蛋白穿过核膜的核内导入（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0158000`	特异性直接结合含有简单或双组分核定位信号 (NLS) 基序的底物。	暂无已核实直接文献
`Os01g0253300`	功能于核蛋白输入。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0031144 proteasome localization 生物过程

GO:0051170 import into nucleus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0042564 NLS-dependent protein nuclear import complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02690

ath:AT5G03070

dosa:Os01g0158000

sce:YNL189W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.604

排名 1 · LXL04_032694 · OH-1004

细胞核0.461

排名 2 · LXL04_032694 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 3 · LXL04_032694 · OH-1004

高尔基体0.059

排名 4 · LXL04_032694 · OH-1004

溶酶体／液泡0.053

排名 5 · LXL04_032694 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30746.1TMCO694-502 aa

PF00514.30Arm117-156 aa

PF13513.13HEAT_EZ145-195 aa

PF00514.30Arm200-237 aa

PF00514.30Arm344-374 aa

PF00514.30Arm379-415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032694	`PF30746.1`	TMCO6	94	502	5.8e-21	75.4
LXL04_032694	`PF00514.30`	Arm	117	156	7.1e-38	128.2
LXL04_032694	`PF13513.13`	HEAT_EZ	145	195	8e-09	36.5
LXL04_032694	`PF00514.30`	Arm	200	237	7.1e-38	128.2
LXL04_032694	`PF00514.30`	Arm	344	374	7.1e-38	128.2
LXL04_032694	`PF00514.30`	Arm	379	415	7.1e-38	128.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KF65`	拟南芥	Importin subunit alpha-9	69.557%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FWY7`	拟南芥	Importin subunit alpha-6	30.214%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FYP9`	水稻	Importin subunit alpha-2	62.083%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q71VM4`	水稻	Importin subunit alpha-1a	30.815%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情