LXL04_032682 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032682

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27774264-27776926 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1599 bp · LXL04_032682|LXL04_032682|OH1004|cDNA

ATGAAGGTATTGAAGACGGTGTCGGTTATGGATTTGGTAGCATGGAGATGGTTTGTGTCTGTTTTCATCCTCCAGTTCGTCTTCGCTCTTCAACCACTCGTTTACTCCCTAGATGGGAACACAGGGGATGCTGTTGAATTGTTTGAGAGAGCTTCGCGTAATATGGAAATGAAACGTTATGATGATGCAATTGATGATCTTAACGCTGCAATAGAAGCTGATCCGTTACTATCTGAAGCATACTGGAGTCGAGCTTTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1599 bp · LXL04_032682|LXL04_032682|OH1004|CDS

ATGAAGGTATTGAAGACGGTGTCGGTTATGGATTTGGTAGCATGGAGATGGTTTGTGTCTGTTTTCATCCTCCAGTTCGTCTTCGCTCTTCAACCACTCGTTTACTCCCTAGATGGGAACACAGGGGATGCTGTTGAATTGTTTGAGAGAGCTTCGCGTAATATGGAAATGAAACGTTATGATGATGCAATTGATGATCTTAACGCTGCAATAGAAGCTGATCCGTTACTATCTGAAGCATACTGGAGTCGAGCTTTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

532 aa · LXL04_032682|LXL04_032682|OH1004|PROTEIN

MKVLKTVSVMDLVAWRWFVSVFILQFVFALQPLVYSLDGNTGDAVELFERASRNMEMKRYDDAIDDLNAAIEADPLLSEAYWSRALVLRHLCRYKESEESYKKFLQMKPQNSAVEKELSQLHQAQSALDTATNLFEHSDYTKALDFIDKVVLVFSPACSQAKILKAKLLLAAKDYSGVISESGYMLKEDEDNLEALLLRGRAYYYLADHDVATRHYQKGLRLDPEHTELKKSYFGLKNLLKKTKSAEDNEKKGKLRVAVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032682`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032682

位置 Chr07:27774264-27776926 (-)

描述 Similar to P58IPK: DnaJ protein P58IPK homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03160`	在病毒症状发展中起重要的积极作用，并且是病毒增殖和发病所必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0977200`	可能在内质网中参与蛋白质折叠。	Analysis of rice ER-resident J-proteins reveals diversity and functional differentiation of the ER-resident Hsp70 system in plants.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert312
`Os02g0195300`	可能在内质网中参与蛋白质折叠。	Analysis of rice ER-resident J-proteins reveals diversity and functional differentiation of the ER-resident Hsp70 system in plants.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert312

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032682 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程

GO:0034975 protein folding in endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0036494 positive regulation of translation initiation in response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0044794 host-mediated activation of viral process 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:1903912 negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004860 protein kinase inhibitor activity 分子功能

GO:0019901 protein kinase binding 分子功能

GO:0051087 protein-folding chaperone binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G03160

bta:286770

dosa:Os01g0977200

dosa:Os02g0195300

gga:418787

osa:4327812

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.313

排名 1 · LXL04_032682 · OH-1004

细胞质0.267

排名 2 · LXL04_032682 · OH-1004

线粒体0.166

排名 3 · LXL04_032682 · OH-1004

细胞核0.140

排名 4 · LXL04_032682 · OH-1004

过氧化物酶体0.117

排名 5 · LXL04_032682 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13432.13TPR_1651-111 aa

PF07719.24TPR_2194-226 aa

PF00226.37DnaJ365-428 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032682	`PF13432.13`	TPR_16	51	111	1.1e-15	58.4
LXL04_032682	`PF07719.24`	TPR_2	194	226	2.7e-26	90.2
LXL04_032682	`PF00226.37`	DnaJ	365	428	1.5e-26	93.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYW9`	拟南芥	DnaJ protein P58IPK homolog	68.653%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JNB5`	水稻	DnaJ protein P58IPK homolog B	66.588%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0A0P0VG31`	水稻	DnaJ protein P58IPK homolog A	63.341%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情