LXL04_032373 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032373

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 21488346-21489260 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

663 bp · LXL04_032373|LXL04_032373|OH1004|cDNA

ATGACGATTCTATACACGCTGGTGGCGAGAGGATCGGTGGTATTGGCTGAATTCAATAGCTCGCAGACGAACGCGAGCACGATTGCGAGGCAGATTCTCGAGAAAATCCCGGGAGATCATGATATCAATGTCTCGTATTCGCAGGATCGGTATATTTTTCATGTTAAGCGTACCGATGGGCTCACGGTTCTCTGTATGACCGACGACGTCGCCGGAAGAAGGGTTCCATTTACATTGCTTGAAGACATTCATCAAAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · LXL04_032373|LXL04_032373|OH1004|CDS

ATGACGATTCTATACACGCTGGTGGCGAGAGGATCGGTGGTATTGGCTGAATTCAATAGCTCGCAGACGAACGCGAGCACGATTGCGAGGCAGATTCTCGAGAAAATCCCGGGAGATCATGATATCAATGTCTCGTATTCGCAGGATCGGTATATTTTTCATGTTAAGCGTACCGATGGGCTCACGGTTCTCTGTATGACCGACGACGTCGCCGGAAGAAGGGTTCCATTTACATTGCTTGAAGACATTCATCAAAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · LXL04_032373|LXL04_032373|OH1004|PROTEIN

MTILYTLVARGSVVLAEFNSSQTNASTIARQILEKIPGDHDINVSYSQDRYIFHVKRTDGLTVLCMTDDVAGRRVPFTLLEDIHQRFVRTYGRAVLSAQAYGMNDEFSRVLNTQMEYYSNDPNADRINRIKGEMSQVRTVMIQNIDKVLERGDRLELLVDRTTTMQSNTFRFKKQSRKFRNSIWWRNVKLMFALIFLLLVLVYVMVAFACHGLTLPTCLR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032373`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032373

位置 Chr07:21488346-21489260 (+)

描述 Similar to VAMP713: Vesicle-associated membrane protein 713

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g11150`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At4g32150`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At2g25340`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At5g22360`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032373 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0098876 vesicle-mediated transport to the plasma membrane 生物过程

GO:1901703 protein localization involved in auxin polar transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25340

ath:AT4G32150

ath:AT5G11150

ath:AT5G22360

ddi:DDB_G0277173

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.331

排名 1 · LXL04_032373 · OH-1004

高尔基体0.321

排名 2 · LXL04_032373 · OH-1004

溶酶体／液泡0.313

排名 3 · LXL04_032373 · OH-1004

细胞膜0.170

排名 4 · LXL04_032373 · OH-1004

内质网0.163

排名 5 · LXL04_032373 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13774.14Longin15-111 aa

PF00957.28Synaptobrevin126-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032373	`PF13774.14`	Longin	15	111	6.4e-25	87.9
LXL04_032373	`PF00957.28`	Synaptobrevin	126	206	8.7e-28	96.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFP1`	拟南芥	Vesicle-associated membrane protein 713	69.683%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49377`	拟南芥	Vesicle-associated membrane protein 711	73.973%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIQ9`	拟南芥	Vesicle-associated membrane protein 712	73.973%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMR5`	拟南芥	Vesicle-associated membrane protein 714	52.968%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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