LXL04_032368 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032368

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 21451484-21453890 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1782 bp · LXL04_032368|LXL04_032368|OH1004|cDNA

ATGCAGAAACTCTTTGGGGAAGAGGTTCTTTACCATGGTATGCCAAAATACCATACTCCAGAAGAGTCAAATCTCTTCTTATCCCTTGGTCCTCATGTTGATGTCTACTTCCCTCCTCGCAAGAGGTCAAGAGTCAGTGCCCCTTTCGTCTTATTCTCtgaacaaatcttcaaaaaacAGCAAACCACCATTGATGCCCTTCCTGATGAATGCCTCTTTGAGATCTTCACACGTGTCACTGGTACCCAAGAGAAAAACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1782 bp · LXL04_032368|LXL04_032368|OH1004|CDS

ATGCAGAAACTCTTTGGGGAAGAGGTTCTTTACCATGGTATGCCAAAATACCATACTCCAGAAGAGTCAAATCTCTTCTTATCCCTTGGTCCTCATGTTGATGTCTACTTCCCTCCTCGCAAGAGGTCAAGAGTCAGTGCCCCTTTCGTCTTATTCTCTGAACAAATCTTCAAAAAACAGCAAACCACCATTGATGCCCTTCCTGATGAATGCCTCTTTGAGATCTTCACACGTGTCACTGGTACCCAAGAGAAAAACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

593 aa · LXL04_032368|LXL04_032368|OH1004|PROTEIN

MQKLFGEEVLYHGMPKYHTPEESNLFLSLGPHVDVYFPPRKRSRVSAPFVLFSEQIFKKQQTTIDALPDECLFEIFTRVTGTQEKNACASVSKRWLMLLSTIHKKEIKQNKIEDLEINNSLTRCLKGKKATDIRLAAISVGTSGHGGLDELSIYGNNARVVEIANECHLLEKLQLSHCPRISDKSLIAIANNCPNLTSLSIESCSNIKNEGLQEIGKKCPNLKSILIKNCSQIGDQGVASLVSSASSSLMKVKLHGLNVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032368`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032368

位置 Chr07:21451484-21453890 (+)

描述 Similar to EBF1: EIN3-binding F-box protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25490`	SCF(EBF1)型E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白（可能包括EIN3和EIL1）的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	EIN3-dependent regulation of plant ethylene hormone signaling by two arabidopsis F box proteins: EBF1 and EBF2.2003 · DOI: 10.1016/s0092-8674(03)00968-1
`At5g25350`	SCF(EBF1)型E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白（可能包括EIN3和EIL1）的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	EIN3-dependent regulation of plant ethylene hormone signaling by two arabidopsis F box proteins: EBF1 and EBF2.2003 · DOI: 10.1016/s0092-8674(03)00968-1
`At4g15475`	F-box/LRR重复蛋白4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010105 negative regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25490

ath:AT4G15475

ath:AT5G25350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.820

排名 1 · LXL04_032368 · OH-1004

细胞质0.139

排名 2 · LXL04_032368 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 3 · LXL04_032368 · OH-1004

质体0.036

排名 4 · LXL04_032368 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_032368 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29594.1LRR_SKP2158-333 aa

PF25372.2LRR_FBXL15162-295 aa

PF25372.2LRR_FBXL15169-217 aa

PF25372.2LRR_FBXL15301-430 aa

PF25372.2LRR_FBXL15455-581 aa

PF29594.1LRR_SKP2468-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032368	`PF29594.1`	LRR_SKP2	158	333	1.3e-23	84.3
LXL04_032368	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	162	295	2.5e-22	79.7
LXL04_032368	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	169	217	2.5e-22	79.7
LXL04_032368	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	301	430	2.5e-22	79.7
LXL04_032368	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	455	581	2.5e-22	79.7
LXL04_032368	`PF29594.1`	LRR_SKP2	468	527	1.3e-23	84.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKK0`	拟南芥	EIN3-binding F-box protein 1	51.420%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q708Y0`	拟南芥	EIN3-binding F-box protein 2	47.673%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5D2`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 4	24.872%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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