LXL04_032116 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032116

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 17003787-17010217 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2796 bp · LXL04_032116|LXL04_032116|OH1004|cDNA

ATGGGGCAGCCTCTCAGGCTCGAGATCAAGAGGAAACTTGCTCAAAGATCAGAAAGAGTAAAATCCGTGGATCTGCATCCAACAGAGCCATGGATCCTCACAAGTTTGTATTCAGGAACAGTCTGCATCTGGGATTACCAGACTCAGACTATGGCAAAATCCTTTGAAGTTACTGAATTACCAGTCAGATCTGCAAAGTTTGTGGCCCGCAAGCAGTGGGTTGTTGCAGGTGCAGATGACATGTTTATCCGCGTCTACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2796 bp · LXL04_032116|LXL04_032116|OH1004|CDS

ATGGGGCAGCCTCTCAGGCTCGAGATCAAGAGGAAACTTGCTCAAAGATCAGAAAGAGTAAAATCCGTGGATCTGCATCCAACAGAGCCATGGATCCTCACAAGTTTGTATTCAGGAACAGTCTGCATCTGGGATTACCAGACTCAGACTATGGCAAAATCCTTTGAAGTTACTGAATTACCAGTCAGATCTGCAAAGTTTGTGGCCCGCAAGCAGTGGGTTGTTGCAGGTGCAGATGACATGTTTATCCGCGTCTACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

931 aa · LXL04_032116|LXL04_032116|OH1004|PROTEIN

MGQPLRLEIKRKLAQRSERVKSVDLHPTEPWILTSLYSGTVCIWDYQTQTMAKSFEVTELPVRSAKFVARKQWVVAGADDMFIRVYNYNTMDKVKVYEAHTDYIRCVAVHPTLPYILSSSDDMLIKLWDWEKSWYCTQIFEGHSHYVMQVTINPKDTNTFASASLDRTIKIWNLGSPDPNFTLDAHLKGVNCVDYFTGGDKPYLITGSDDHTAKVWDYQTKTCVQTLEGHTHNVSAVCFHPELPIIITGSEDGTVRIWHS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032116`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032116

位置 Chr07:17003787-17010217 (-)

描述 Similar to At1g52360: Coatomer subunit beta'-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52360`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At1g79990`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At3g15980`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0143900`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os02g0209100`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032116 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

GO:0005198 structural molecule activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52360

ath:AT1G79990

ath:AT3G15980

dosa:Os02g0209100

dosa:Os06g0143900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.481

排名 1 · LXL04_032116 · OH-1004

细胞核0.264

排名 2 · LXL04_032116 · OH-1004

高尔基体0.247

排名 3 · LXL04_032116 · OH-1004

溶酶体／液泡0.209

排名 4 · LXL04_032116 · OH-1004

细胞膜0.103

排名 5 · LXL04_032116 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd5-173 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR510-106 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC310-114 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st11-158 aa

PF24805.2EIF3I14-116 aa

PF24814.2WD40_Prp1918-186 aa

PF24796.2WDR5518-200 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st20-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032116	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	5	173	4.5e-30	105.6
LXL04_032116	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	10	106	4.3e-64	217.3
LXL04_032116	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	10	114	4.8e-44	151.1
LXL04_032116	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	11	158	2.1e-43	148.9
LXL04_032116	`PF24805.2`	EIF3I	14	116	4.5e-15	56.3
LXL04_032116	`PF24814.2`	WD40_Prp19	18	186	5.7e-39	134.6
LXL04_032116	`PF24796.2`	WDR55	18	200	1.1e-27	97.7
LXL04_032116	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	20	132	8.2e-43	147.4
LXL04_032116	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	22	174	3.7e-31	109.2
LXL04_032116	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	34	213	2.6e-25	89.9
LXL04_032116	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	39	228	2.9e-29	103.0
LXL04_032116	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	43	175	5.8e-10	39.7
LXL04_032116	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	60	132	9.4e-38	130.8
LXL04_032116	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	61	195	4.3e-64	217.3
LXL04_032116	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	61	174	1.5e-15	57.7
LXL04_032116	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	71	176	3.3e-18	66.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C827`	拟南芥	Coatomer subunit beta'-2	80.021%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAA0`	拟南芥	Coatomer subunit beta'-1	80.459%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L828`	拟南芥	Coatomer subunit beta'-3	79.341%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VQ78`	水稻	Coatomer subunit beta'-1	79.759%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H8D5`	水稻	Coatomer subunit beta'-2	76.882%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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