LXL04_031295 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031295

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4299722-4309380 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4398 bp · LXL04_031295|LXL04_031295|OH1004|cDNA

ATGGGGGAAAGCCGCGAGGGCTCTGTTGCCGCAATGAAAACGATGGAAGAAGGTCAAAATCACCCAGAAAATGTCCATAAACGGATTAGTATTGAGGAACCTACGGAGAGGGAGGATGAAATCAGTGCCTTACCTGATTGCATCCTTGTTGAAATCCTCTCTCGTTTACCCTTTTCAAAAGATGCCATACGAACAGGTACACTCTCCAAGCGATGGGAACATCTTTGGACTTTGGTACCTACTCTCATTTTTAAGCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

4398 bp · LXL04_031295|LXL04_031295|OH1004|CDS

ATGGGGGAAAGCCGCGAGGGCTCTGTTGCCGCAATGAAAACGATGGAAGAAGGTCAAAATCACCCAGAAAATGTCCATAAACGGATTAGTATTGAGGAACCTACGGAGAGGGAGGATGAAATCAGTGCCTTACCTGATTGCATCCTTGTTGAAATCCTCTCTCGTTTACCCTTTTCAAAAGATGCCATACGAACAGGTACACTCTCCAAGCGATGGGAACATCTTTGGACTTTGGTACCTACTCTCATTTTTAAGCTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1465 aa · LXL04_031295|LXL04_031295|OH1004|PROTEIN

MGESREGSVAAMKTMEEGQNHPENVHKRISIEEPTEREDEISALPDCILVEILSRLPFSKDAIRTGTLSKRWEHLWTLVPTLIFKLSNQPYSRRIENPNTISESAKLVDRTLTQCRQVKLKKFKVQTIYHTQFESQYFNWIRHAINCYVEELALDFQYPGPQADLRLDQSNFFINSWFTDLRLTCFTLNPSGAISWKNLKSFCISSQNLDEHLIINILSGSPLLENLELEYYYEIKGYDDEMEAPYNSQWPQLKHLKKFK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031295`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031295

位置 Chr07:4299722-4309380 (-)

描述 Similar to FBL25: F-box/LRR-repeat protein 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02920`	F-box/LRR重复蛋白 25。	暂无已核实直接文献
`At5g02930`	假定的F-box/LRR重复蛋白 At5g02930。	暂无已核实直接文献
`At3g18150`	推测的F-box/LRR重复蛋白 At3g18150。	暂无已核实直接文献
`At5g03100`	F-box蛋白At5g03100。	暂无已核实直接文献
`At1g49610`	推测F-box蛋白At1g49610。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031295 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02920

ath:AT5G02930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.558

排名 1 · LXL04_031295 · OH-1004

细胞质0.538

排名 2 · LXL04_031295 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 3 · LXL04_031295 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_031295 · OH-1004

线粒体0.041

排名 5 · LXL04_031295 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box41-80 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1117-235 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1257-421 aa

PF24758.2LRR_At5g56370273-414 aa

PF00646.39F-box524-563 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1740-935 aa

PF24758.2LRR_At5g56370756-903 aa

PF00646.39F-box1076-1114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031295	`PF00646.39`	F-box	41	80	2.1e-14	53.5
LXL04_031295	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	117	235	2e-41	143.4
LXL04_031295	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	257	421	2e-41	143.4
LXL04_031295	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	273	414	6.1e-44	151.1
LXL04_031295	`PF00646.39`	F-box	524	563	2.1e-14	53.5
LXL04_031295	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	740	935	2e-41	143.4
LXL04_031295	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	756	903	6.1e-44	151.1
LXL04_031295	`PF00646.39`	F-box	1076	1114	2.1e-14	53.5
LXL04_031295	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	1248	1406	2e-41	143.4
LXL04_031295	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	1260	1370	6.1e-44	151.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PE04`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 25	33.010%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYZ2`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein At5g02930	31.156%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LV26`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150	26.531%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q501G5`	拟南芥	F-box protein At5g03100	34.826%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FX89`	拟南芥	Putative F-box protein At1g49610	33.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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