LXL04_031213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 2595936-2599242 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1866 bp · LXL04_031213|LXL04_031213|OH1004|cDNA

ATGATCCAATTTAGATTTGCTTTGTATAATATGGAAAAACCAACAAAGTCAGGACTAGCTCTTCAGCATAAGATAGTTGATGCGAGGAGTACAACCTCCCTTTCAACACCAGATCGTATGTCTTCGCTTTATGTTGGGGACTTGGAGGAGAACGTTAATGAAGGTCAATTGTTTGATCTCTTCAATGAGGTGGGACGAGTTCATTCCGTACGTGTTTGTCGAGATCAAGAAAATGGGGTTTCACTTGGTTACGGCTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · LXL04_031213|LXL04_031213|OH1004|CDS

ATGATCCAATTTAGATTTGCTTTGTATAATATGGAAAAACCAACAAAGTCAGGACTAGCTCTTCAGCATAAGATAGTTGATGCGAGGAGTACAACCTCCCTTTCAACACCAGATCGTATGTCTTCGCTTTATGTTGGGGACTTGGAGGAGAACGTTAATGAAGGTCAATTGTTTGATCTCTTCAATGAGGTGGGACGAGTTCATTCCGTACGTGTTTGTCGAGATCAAGAAAATGGGGTTTCACTTGGTTACGGCTATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · LXL04_031213|LXL04_031213|OH1004|PROTEIN

MIQFRFALYNMEKPTKSGLALQHKIVDARSTTSLSTPDRMSSLYVGDLEENVNEGQLFDLFNEVGRVHSVRVCRDQENGVSLGYGYVNFTTSEDATIALKFLNFKRLHGKQIRIMFSEPDPTMRRSGVGNVYIKNLDSSIDNKELYEAFCAFGNVSTCKVVVDSHGVSKGFGFIQFEKDEDAQIAIKNLNGVSIKGKQVYVGKFIRQEEWNDAKRSLKLTELAHANLYTKNLDETITDDEKLKALFSEFGTITSCKIMID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031213`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031213

位置 Chr07:2595936-2599242 (+)

描述 Similar to PAB2: Polyadenylate-binding protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34110`	结合 mRNA 的聚尾。	暂无已核实直接文献
`At1g49760`	结合 mRNA 的聚 (A) 尾。	暂无已核实直接文献
`At1g71770`	结合 mRNA 的聚尾。	Differential organ-specific expression of three poly(A)-binding-protein genes from Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1073/pnas.90.14.6686 A pollen-, ovule-, and early embryo-specific poly(A) binding protein from Arabidopsis complements essential functions in yeast.1996 · DOI: 10.1105/tpc.8.8.1261

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0060211 regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:1900151 regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49760

ath:AT4G34110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.357

排名 1 · LXL04_031213 · OH-1004

线粒体0.281

排名 2 · LXL04_031213 · OH-1004

细胞质0.214

排名 3 · LXL04_031213 · OH-1004

细胞核0.203

排名 4 · LXL04_031213 · OH-1004

过氧化物酶体0.048

排名 5 · LXL04_031213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_143-113 aa

PF00076.29RRM_1131-199 aa

PF00076.29RRM_1227-296 aa

PF00658.25MLLE363-427 aa

PF27980.1EML_helical539-620 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031213	`PF00076.29`	RRM_1	43	113	2.1e-58	194.8
LXL04_031213	`PF00076.29`	RRM_1	131	199	2.1e-58	194.8
LXL04_031213	`PF00076.29`	RRM_1	227	296	2.1e-58	194.8
LXL04_031213	`PF00658.25`	MLLE	363	427	2e-23	82.9
LXL04_031213	`PF27980.1`	EML_helical	539	620	7.1e-26	91.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42731`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein 2	49.458%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FXA2`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein 8	48.921%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q05196`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein 5	49.822%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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