LXL04_031126 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031126

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 939328-942525 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1722 bp · LXL04_031126|LXL04_031126|OH1004|cDNA

ATGATCAAAGTAGGAAAACTCATGAACAAAGAAAGAGGCCACGCCACAGTTGCTTTTGCAAGAAGCTGGAAGAAGTTTCCACCGTTAAAACATGTTGCCATTGTTTGGCAAACCAAGGCCATGATATTGACGTACTCTTCTTCTTTCATCACTCATTTACTCGCACTCCCTCCAGCGTCCACTTCTACTTCTACTGGAGCCGTATCTTCTTCCCTACTTCATCGATCCCCTCAGGGTTCTTTTGGTTCGATTTTGAGGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1722 bp · LXL04_031126|LXL04_031126|OH1004|CDS

ATGATCAAAGTAGGAAAACTCATGAACAAAGAAAGAGGCCACGCCACAGTTGCTTTTGCAAGAAGCTGGAAGAAGTTTCCACCGTTAAAACATGTTGCCATTGTTTGGCAAACCAAGGCCATGATATTGACGTACTCTTCTTCTTTCATCACTCATTTACTCGCACTCCCTCCAGCGTCCACTTCTACTTCTACTGGAGCCGTATCTTCTTCCCTACTTCATCGATCCCCTCAGGGTTCTTTTGGTTCGATTTTGAGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

573 aa · LXL04_031126|LXL04_031126|OH1004|PROTEIN

MIKVGKLMNKERGHATVAFARSWKKFPPLKHVAIVWQTKAMILTYSSSFITHLLALPPASTSTSTGAVSSSLLHRSPQGSFGSILRYKLRSYCSAPVNRGEFMASNIKVVQNPDSISYLNQREAAEVDEILMGPLGFSVDQLMELAGLSVATAIAEVYNVKDYNRVLAICGPGNNGGDGLVVARHLYHFGYKPFVCYPKRTAKPLYTGLVTQLESLGIPFLSVDDLPMNLSEDFNILVDAMFGFSFHGTPRPPFDDLIKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031126`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031126

位置 Chr07:939328-942525 (-)

描述 Similar to PPOX1: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49970`	催化吡哆醇 5'-磷酸或吡哆胺 5'-磷酸氧化为吡哆醛 5'-磷酸。	Identification of a pyridoxine (pyridoxamine) 5'-phosphate oxidase from Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.12.028 Vitamer levels, stress response, enzyme activity, and gene regulation of Arabidopsis lines mutant in the pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (PDX3) and the pyridoxal kinase (SOS4) genes involved in the vitamin B6 salvage pathway.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105189

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031126 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006739 NADP+ metabolic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0008615 pyridoxine biosynthetic process 生物过程

GO:0010874 regulation of cholesterol efflux 生物过程

GO:0019674 NAD+ metabolic process 生物过程

GO:0031580 membrane raft distribution 生物过程

GO:0046496 nicotinamide nucleotide metabolic process 生物过程

GO:0110051 metabolite repair 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

amr:AM1_4597

ath:AT5G49970

mmu:246703

rno:295229

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.837

排名 1 · LXL04_031126 · OH-1004

线粒体0.146

排名 2 · LXL04_031126 · OH-1004

细胞质0.128

排名 3 · LXL04_031126 · OH-1004

过氧化物酶体0.060

排名 4 · LXL04_031126 · OH-1004

细胞核0.059

排名 5 · LXL04_031126 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03853.22YjeF_N140-312 aa

PF01243.28PNPOx_N389-513 aa

PF10590.15PNP_phzG_C529-573 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031126	`PF03853.22`	YjeF_N	140	312	3.6e-36	125.4
LXL04_031126	`PF01243.28`	PNPOx_N	389	513	2e-28	99.8
LXL04_031126	`PF10590.15`	PNP_phzG_C	529	573	4.3e-19	68.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTX3`	拟南芥	Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 1, chloroplastic	68.107%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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