LXL04_031064 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031064

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 127395840-127399250 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1723 bp · LXL04_031064|LXL04_031064|OH1004|cDNA

ATGACGGATACGCAGGTAGTTAAACGTGCCAAGTACAAGTCTTCCGTCAAAGACCCTGGCGTTCTTGGGGAATTGAAAATGACCAGGGAGAGGTTTGTTTTTACGCCCTATGATGGATCGTCCATGAAGCTTAATGTAGAATTCAGACTTATAAAAGGACACAAATCCAGCAAGGAGGGTAACAAGCGACCTGCCTTACTCAATCTCACTCAAGATCAGGGTAATTATATCTTCGAGTTTGACAATTTCTCAGACAGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1707 bp · LXL04_031064|LXL04_031064|OH1004|CDS

ATGACGGATACGCAGGTAGTTAAACGTGCCAAGTACAAGTCTTCCGTCAAAGACCCTGGCGTTCTTGGGGAATTGAAAATGACCAGGGAGAGGTTTGTTTTTACGCCCTATGATGGATCGTCCATGAAGCTTAATGTAGAATTCAGACTTATAAAAGGACACAAATCCAGCAAGGAGGGTAACAAGCGACCTGCCTTACTCAATCTCACTCAAGATCAGGGTAATTATATCTTCGAGTTTGACAATTTCTCAGACAGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

568 aa · LXL04_031064|LXL04_031064|OH1004|PROTEIN

MTDTQVVKRAKYKSSVKDPGVLGELKMTRERFVFTPYDGSSMKLNVEFRLIKGHKSSKEGNKRPALLNLTQDQGNYIFEFDNFSDREVCRDFVAKCITLYGSENEQLSSAEMDRRIKLLQEDSELQKLHKQFVMGSVLSETEFWATRKKLLDVKDSRKAKQRVGLKSDMIFNVKPSSDGQSNRVTFNLTPEMIHQIFAEKPAVRQAYLSFVPNKMTEKDFWTKYWRAQYLHSTRNIVAAAAEAAEDEELAVFLKQDPILA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031064`
TK1151 ID	TkA04G033110
OH-1004 ID	LXL04_031064
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.094 / OH-1004 99.648 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031064

位置 Chr06:127395840-127399250 (+)

描述 Similar to TFB1-1: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55750`	一般转录和DNA修复因子IIH（TFIIH）核心复合体的组分，参与损伤DNA的一般和转录偶联核苷酸切除修复（NER），并在与CAK形成复合物时参与RNA聚合酶II的RNA转录。	暂无已核实直接文献
`At3g61420`	一般转录和DNA修复因子IIH（TFIIH）核心复合体的组分，参与损伤DNA的一般和转录偶联核苷酸切除修复（NER），并在与CAK形成复合物时参与RNA聚合酶II的RNA转录。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031064 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006360 transcription by RNA polymerase I 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1990830 cellular response to leukemia inhibitory factor 生物过程

GO:0000112 nucleotide-excision repair factor 3 complex 细胞组分

GO:0000439 transcription factor TFIIH core complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55750

ath:AT3G61420

ddi:DDB_G0268014

hsa:2965

mmu:14884

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.670

排名 1 · LXL04_031064 · OH-1004

细胞质0.332

排名 2 · LXL04_031064 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 3 · LXL04_031064 · OH-1004

高尔基体0.027

排名 4 · LXL04_031064 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_031064 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03909.23BSD183-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031064	`PF03909.23`	BSD	183	234	1.2e-13	51.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3ECP0`	拟南芥	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1-1	58.685%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M322`	拟南芥	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1-3	58.290%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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