LXL04_030517 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030517

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 117969071-117973684 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3648 bp · LXL04_030517|LXL04_030517|OH1004|cDNA

ATgaagatgttgacgaagtttgAAACGAAAAGCAATAGAGTGAAAGGGCTGAGTTTCCACAGCAAGAGACCATGGATCTTGGCCAGTCTCCACAGCGGTGTGATTCAGCTATGGGATTACAGAATGGGAACTCTCATCGATCGATTTGACGAGCATGATGGACCCGTTCGTGGTGTTCATTTCCACAAATCACAACCTCTTTTCGTCTCCGGAGGAGATGATTACAAGATCAAAGTATGGAACTACAAACTACACAGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

3648 bp · LXL04_030517|LXL04_030517|OH1004|CDS

ATGAAGATGTTGACGAAGTTTGAAACGAAAAGCAATAGAGTGAAAGGGCTGAGTTTCCACAGCAAGAGACCATGGATCTTGGCCAGTCTCCACAGCGGTGTGATTCAGCTATGGGATTACAGAATGGGAACTCTCATCGATCGATTTGACGAGCATGATGGACCCGTTCGTGGTGTTCATTTCCACAAATCACAACCTCTTTTCGTCTCCGGAGGAGATGATTACAAGATCAAAGTATGGAACTACAAACTACACAGATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1215 aa · LXL04_030517|LXL04_030517|OH1004|PROTEIN

MKMLTKFETKSNRVKGLSFHSKRPWILASLHSGVIQLWDYRMGTLIDRFDEHDGPVRGVHFHKSQPLFVSGGDDYKIKVWNYKLHRCLFTLLGHLDYIRTVQFHHEYPWIVSASDDQTIRIWNWQSRTCISVLTGHNHYVMCALFHPKDDLVVSASLDQTVRVWDISALRKKTVSPADDILRLGQMNTDFFGGVDAVVKYVLEGHDRGVNWASFHPTLPLIVSGADDRQVKIWRMNDTKAWEVDTLRGHMNNVSCVLFHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030517`
TK1151 ID	TkA08G112160
OH-1004 ID	LXL04_030517
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.835 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030517

位置 Chr06:117969071-117973684 (-)

描述 Similar to At1g62020: Coatomer subunit alpha-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62020`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At2g21390`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0127800`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os03g0711400`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os03g0711500`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030517 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

GO:0005198 structural molecule activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62020

ath:AT2G21390

dosa:Os03g0711400

dosa:Os03g0711500

dosa:Os09g0127800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · LXL04_030517 · OH-1004

细胞核0.268

排名 2 · LXL04_030517 · OH-1004

高尔基体0.142

排名 3 · LXL04_030517 · OH-1004

溶酶体／液泡0.105

排名 4 · LXL04_030517 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_030517 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175.2Beta-prop_WDR53-92 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st3-81 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st4-166 aa

PF24796.2WDR554-166 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz5-164 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC37-129 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_215-172 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st16-89 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030517	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	3	92	2.4e-57	195.2
LXL04_030517	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	3	81	4.4e-20	72.9
LXL04_030517	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	4	166	1.7e-53	181.8
LXL04_030517	`PF24796.2`	WDR55	4	166	8.2e-25	88.2
LXL04_030517	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	5	164	8.2e-24	85.1
LXL04_030517	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	7	129	4.8e-44	151.1
LXL04_030517	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	15	172	2e-21	77.3
LXL04_030517	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	16	89	7.9e-41	140.9
LXL04_030517	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	17	85	1.3e-28	100.8
LXL04_030517	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	27	125	1.5e-18	67.6
LXL04_030517	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	31	132	1.8e-32	113.4
LXL04_030517	`PF00400.39`	WD40	44	81	1.6e-48	161.8
LXL04_030517	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	51	168	3.2e-27	96.4
LXL04_030517	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	51	170	5.3e-18	65.9
LXL04_030517	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	52	123	2.2e-11	44.0
LXL04_030517	`PF24814.2`	WD40_Prp19	62	169	9.9e-45	153.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94A40`	拟南芥	Coatomer subunit alpha-1	79.918%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJT9`	拟南芥	Coatomer subunit alpha-2	78.296%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0J3D9`	水稻	Coatomer subunit alpha-3	75.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AUR8`	水稻	Coatomer subunit alpha-1	75.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AUR7`	水稻	Coatomer subunit alpha-2	75.696%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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