LXL04_030499 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030499

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 117348536-117350424 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1154 bp · LXL04_030499|LXL04_030499|OH1004|cDNA

AATTCATATCATATAAATCTTTTTTATTACGATTATGTAGAAAAATGGCAACACAAGTTGAACCACCAAATGGGGTTAGATCAGAAGGGAAGCATTATTTTTCAATGTGGCAGGCATTATTTGAAATTGACACCAAATATGTTCCAATTAAGCCAATTGGAAGAGGCGCATATGGGATTGTCTGCTCTTCTGTAAACCGTGAAACAAATGAGAAGGTTGCAATTAAGAAGATTCATAATGCATTTGATAACCGAATTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · LXL04_030499|LXL04_030499|OH1004|CDS

ATGGCAACACAAGTTGAACCACCAAATGGGGTTAGATCAGAAGGGAAGCATTATTTTTCAATGTGGCAGGCATTATTTGAAATTGACACCAAATATGTTCCAATTAAGCCAATTGGAAGAGGCGCATATGGGATTGTCTGCTCTTCTGTAAACCGTGAAACAAATGAGAAGGTTGCAATTAAGAAGATTCATAATGCATTTGATAACCGAATTGATGCTTTGAGAACATTAAGGGAACTTAAGCTTCTTAGGCATCTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

369 aa · LXL04_030499|LXL04_030499|OH1004|PROTEIN

MATQVEPPNGVRSEGKHYFSMWQALFEIDTKYVPIKPIGRGAYGIVCSSVNRETNEKVAIKKIHNAFDNRIDALRTLRELKLLRHLRHENVIALKDVMVPIHRRSFKDVYLVYELMDTDLHQIIKSSQALTNDHCQYFLFQLLRGLKYLHSANILHRDLKPGNLLINANCDLKICDFGLARTRTTKDQFMTEYVVTRWYRAPELLLCCDNYGTSIDIWSVGCIFAELLGRKPLFPGTECLNQLRLIINILGSQTEEDIRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030499`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030499

位置 Chr06:117348536-117350424 (-)

描述 Similar to NTF3: Mitogen-activated protein kinase homolog NTF3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10210`	丝裂原活化蛋白激酶 1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0699400`	丝裂原活化蛋白激酶4。	暂无已核实直接文献
`Os02g0148100`	丝裂原活化蛋白激酶3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030499 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004707 MAP kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016301 kinase activity 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10210

dosa:Os02g0148100

dosa:Os06g0699400

osa:4328297

osa:4341956

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.615

排名 1 · LXL04_030499 · OH-1004

细胞质0.591

排名 2 · LXL04_030499 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 3 · LXL04_030499 · OH-1004

线粒体0.045

排名 4 · LXL04_030499 · OH-1004

内质网0.030

排名 5 · LXL04_030499 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase33-319 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr36-228 aa

PF06293.21Kdo62-187 aa

PF03109.23ABC190-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030499	`PF00069.32`	Pkinase	33	319	3.1e-68	230.7
LXL04_030499	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	36	228	3.5e-31	109.2
LXL04_030499	`PF06293.21`	Kdo	62	187	4e-07	30.4
LXL04_030499	`PF03109.23`	ABC1	90	188	4.5e-06	26.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39021`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 1	82.645%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z859`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 4	80.978%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z437`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 3	80.874%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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