LXL04_030286 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030286

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 113565910-113570139 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3369 bp · LXL04_030286|LXL04_030286|OH1004|cDNA

ATGGGGAAACGGCAGATCTTGTGTCTCATTtgtgtcttcttcttcttcttcttccccaCTTTACATCGTGCAGCAAATTCTACTTCCTGTTCTACAGATTTCAGCTATGTCACCACCTTCCCATGGGACAACTCAGCCTGCCGGACCGCCACCACCAACGGCACCGCCACCCCAAACTGCTGTCAAACTCTCCGGAGCCTCTTCGGCATCGGACTCGCTCACCACCTCAAACAAACCTCGACTTTCTTGTTTCCAAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3369 bp · LXL04_030286|LXL04_030286|OH1004|CDS

ATGGGGAAACGGCAGATCTTGTGTCTCATTTGTGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCACTTTACATCGTGCAGCAAATTCTACTTCCTGTTCTACAGATTTCAGCTATGTCACCACCTTCCCATGGGACAACTCAGCCTGCCGGACCGCCACCACCAACGGCACCGCCACCCCAAACTGCTGTCAAACTCTCCGGAGCCTCTTCGGCATCGGACTCGCTCACCACCTCAAACAAACCTCGACTTTCTTGTTTCCAAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1122 aa · LXL04_030286|LXL04_030286|OH1004|PROTEIN

MGKRQILCLICVFFFFFFPTLHRAANSTSCSTDFSYVTTFPWDNSACRTATTNGTATPNCCQTLRSLFGIGLAHHLKQTSTFLFPNLQSSDSCLSDFQSNLSSISIPQIFSTCLTTTTEFVAVPSNCAEIVTVSDWVNKSGSTTALESSCNVDFAGFLRCSSCLDAGMAVNARLVSLSRNSSKCFTFTALYAAAIVNNFGPEDTRTADCILGITLAKPRSKSKSNKNTIFAIIGALIGTLLFLGAVFAYRRYKNKRKATQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030286`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030286

位置 Chr06:113565910-113570139 (+)

描述 Similar to At1g77360: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77360`	含五肽重复的蛋白 At1g77360，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g11050`	可能的受体样蛋白激酶At1g11050。	暂无已核实直接文献
`At2g48010`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RKF3。	暂无已核实直接文献
`At1g71060`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g52640`	含五三肽重复序列蛋白At1g52640，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11050

ath:AT1G52640

ath:AT1G71060

ath:AT1G77360

ath:AT2G48010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.460

排名 1 · LXL04_030286 · OH-1004

质体0.251

排名 2 · LXL04_030286 · OH-1004

内质网0.083

排名 3 · LXL04_030286 · OH-1004

细胞质0.082

排名 4 · LXL04_030286 · OH-1004

细胞核0.076

排名 5 · LXL04_030286 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19160.6SPARK26-185 aa

PF00069.32Pkinase296-514 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr298-504 aa

PF29070.1MSC6_N737-903 aa

PF17177.11PPR_long765-851 aa

PF13041.13PPR_2775-823 aa

PF23276.3TPR_24779-871 aa

PF13041.13PPR_2809-854 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030286	`PF19160.6`	SPARK	26	185	1.3e-35	123.8
LXL04_030286	`PF00069.32`	Pkinase	296	514	4.6e-41	141.7
LXL04_030286	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	298	504	7.2e-42	144.2
LXL04_030286	`PF29070.1`	MSC6_N	737	903	3.8e-27	96.1
LXL04_030286	`PF17177.11`	PPR_long	765	851	4.7e-26	92.2
LXL04_030286	`PF13041.13`	PPR_2	775	823	9.3e-74	244.1
LXL04_030286	`PF23276.3`	TPR_24	779	871	4.4e-25	88.9
LXL04_030286	`PF13041.13`	PPR_2	809	854	9.3e-74	244.1
LXL04_030286	`PF12854.14`	PPR_1	809	838	1.3e-62	207.9
LXL04_030286	`PF13812.13`	PPR_3	809	854	8.4e-35	119.4
LXL04_030286	`PF01535.27`	PPR	813	840	3e-54	178.2
LXL04_030286	`PF13041.13`	PPR_2	861	892	9.3e-74	244.1
LXL04_030286	`PF12854.14`	PPR_1	874	907	1.3e-62	207.9
LXL04_030286	`PF01535.27`	PPR	881	907	3e-54	178.2
LXL04_030286	`PF13041.13`	PPR_2	910	947	9.3e-74	244.1
LXL04_030286	`PF29070.1`	MSC6_N	919	1001	3.8e-27	96.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial	65.145%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O04086`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At1g11050	49.483%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P93050`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RKF3	39.469%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9A2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial	40.215%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SSR6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52640, mitochondrial	33.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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