LXL04_030206 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030206

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 110745237-110753209 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2106 bp · LXL04_030206|LXL04_030206|OH1004|cDNA

ATGTACGCCTCACCATTCCTCTCCGGTTCATTAAGAATACCTATCCCGGATTCCCAACCACAGCCTCGATCTTCACCATTTCCTCTCTACGCTTGCACGCTTCCTCCGATTCCATTTCAAATGGCGCGAAAATTTATCGATTTCCTCTGCACGCAGCGTGCACAGCCTCGAAACTTGATCgatttccctctctatatttaccTATTTGAAGATCGAGGGTGTAGAGAAATCAGATTTCGATCCTGGGGAATCGATCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2106 bp · LXL04_030206|LXL04_030206|OH1004|CDS

ATGTACGCCTCACCATTCCTCTCCGGTTCATTAAGAATACCTATCCCGGATTCCCAACCACAGCCTCGATCTTCACCATTTCCTCTCTACGCTTGCACGCTTCCTCCGATTCCATTTCAAATGGCGCGAAAATTTATCGATTTCCTCTGCACGCAGCGTGCACAGCCTCGAAACTTGATCGATTTCCCTCTCTATATTTACCTATTTGAAGATCGAGGGTGTAGAGAAATCAGATTTCGATCCTGGGGAATCGATCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

701 aa · LXL04_030206|LXL04_030206|OH1004|PROTEIN

MYASPFLSGSLRIPIPDSQPQPRSSPFPLYACTLPPIPFQMARKFIDFLCTQRAQPRNLIDFPLYIYLFEDRGCREIRFRSWGIDQKSVEAWAGMAEVDSVVGEASVVTVSHRMKLTTSNSTNIARQRFDVIGTTDIVEKGTNIVVFRTCEQERNQVVFQMGTSDAVWALKAAELVCKDVADFDNADFDKLTRTESTETRFHFMMWKGDLKGLINIQYGSQSFSIGITEVLNSNLLIELSADDIEYVFQRSPGKIEIITI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030206`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030206

位置 Chr06:110745237-110753209 (+)

描述 Similar to HAP2: Protein HAPLESS 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11720`	男性生育所需。	Arabidopsis HAP2 (GCS1) is a sperm-specific gene required for pollen tube guidance and fertilization.2006 · DOI: 10.1242/dev.02683 HAP2(GCS1)-dependent gamete fusion requires a positively charged carboxy-terminal domain.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000882 The functional domain of GCS1-based gamete fusion resides in the amino terminus in plant and parasite species.2010 · DOI: 10.1371/journal.pone.0015957 Egg cell-secreted EC1 triggers sperm cell activation during double fertilization.2012 · DOI: 10.1126/science.1223944 Arabidopsis HAP2/GCS1 is a gamete fusion protein homologous to somatic and viral fusogens.2017 · DOI: 10.1083/jcb.201610093

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0269500`	对雄性生育力必需。	暂无已核实直接文献
`Os09g0525700`	对雄性生育力必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030206 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002943 tRNA dihydrouridine synthesis 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0045026 plasma membrane fusion 生物过程

GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程

GO:0061936 fusion of sperm to egg plasma membrane involved in double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11720

dosa:Os05g0269500

dosa:Os09g0525700

hsa:54920

mmu:66369

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.356

排名 1 · LXL04_030206 · OH-1004

内质网0.254

排名 2 · LXL04_030206 · OH-1004

细胞质0.196

排名 3 · LXL04_030206 · OH-1004

细胞核0.173

排名 4 · LXL04_030206 · OH-1004

细胞外0.141

排名 5 · LXL04_030206 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10699.15HAP2-GCS1219-406 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030206	`PF10699.15`	HAP2-GCS1	219	406	1.6e-36	126.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JP36`	拟南芥	Protein HAPLESS 2	61.411%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5W6B9`	水稻	Protein HAPLESS 2-A	48.571%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9G4M9`	水稻	Protein HAPLESS 2-B	45.378%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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