LXL04_029853 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029853

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 101992648-101995270 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2454 bp · LXL04_029853|LXL04_029853|OH1004|cDNA

ATGAACAATAGTCTACCCCCAACGCGGAAGTCTTCTGATTTGATTGGCAAACTCTCGTCTTCACAGCCTCACAGATACGTAACCTTATTTGCAAAGCCCGTGATGAATTTCATATTCATGGCCCAATTACTGCTTGCATTTCTCATCTTTCAGTTTGTCCAAACCAATGTTAATGGAGAATCCATTAACTTGTCATCTCCACTTGTTGCTGGTGCACAATCCAAGAATGCATGGTACTCCGACTCTAAAATGTTTGCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2454 bp · LXL04_029853|LXL04_029853|OH1004|CDS

ATGAACAATAGTCTACCCCCAACGCGGAAGTCTTCTGATTTGATTGGCAAACTCTCGTCTTCACAGCCTCACAGATACGTAACCTTATTTGCAAAGCCCGTGATGAATTTCATATTCATGGCCCAATTACTGCTTGCATTTCTCATCTTTCAGTTTGTCCAAACCAATGTTAATGGAGAATCCATTAACTTGTCATCTCCACTTGTTGCTGGTGCACAATCCAAGAATGCATGGTACTCCGACTCTAAAATGTTTGCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

817 aa · LXL04_029853|LXL04_029853|OH1004|PROTEIN

MNNSLPPTRKSSDLIGKLSSSQPHRYVTLFAKPVMNFIFMAQLLLAFLIFQFVQTNVNGESINLSSPLVAGAQSKNAWYSDSKMFAFGFYQLQGTTGYVVAIWLESFGENTVVWTAYRNDPPVSKNARLTHTLERELVLSCEDSGVNKTIATNVSSAVMNNTGNFVLYDDKMGVVWQSFDHPTDSLLKGQILFGGNELVSSLSKTNYSSGDFCIIMQMDGNLVMYPLKTGAGLAYWHTNTHKDKGSNNSLYLSDTGLLLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029853`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029853

位置 Chr06:101992648-101995270 (-)

描述 Similar to LECRK3: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q25AG3`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献
`Os04g0202500`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XQD3`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献
`Os04g0202300`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献
`Os04g0201900`	参与先天免疫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029853 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os04g0201900

dosa:Os04g0202350

dosa:Os04g0202500

osa:9266608

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.854

排名 1 · LXL04_029853 · OH-1004

内质网0.086

排名 2 · LXL04_029853 · OH-1004

细胞质0.071

排名 3 · LXL04_029853 · OH-1004

细胞核0.040

排名 4 · LXL04_029853 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_029853 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01453.31B_lectin111-191 aa

PF00954.26S_locus_glycop268-342 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr535-740 aa

PF00069.32Pkinase536-798 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029853	`PF01453.31`	B_lectin	111	191	2.4e-17	64.0
LXL04_029853	`PF00954.26`	S_locus_glycop	268	342	2e-07	32.3
LXL04_029853	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	535	740	1.5e-41	143.1
LXL04_029853	`PF00069.32`	Pkinase	536	798	2.1e-46	159.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q25AG3`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK3	39.340%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JEU6`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK3	39.344%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2XQD3`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2	37.906%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7FAZ2`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2	38.452%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7FAZ3`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1	37.562%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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