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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_029639
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 96125490-96130171 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2031 bp · LXL04_029639|LXL04_029639|OH1004|cDNA

ATGGGGAAGGCCTCGAAATTCTTCAAATCACTCCTGGGATTCAGGACCACCGAAGCTCCCGCCAAACAATCGGCACGTTCAGAGGCTAAACAACCAAAGCGACGGTGGAGTTTTGCAAAATCGTACAGAGGAATTTCCCAGCGTCGTCTCCGGGACACTTCCAGTTCTTTCGACGGCACCTCACTCCACCATTATCATCGTAATCCAACTGACAATGAAGATCCCAATGAGCACGCGATTGCGCTTGTTGCGGCCACCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2031 bp · LXL04_029639|LXL04_029639|OH1004|CDS

ATGGGGAAGGCCTCGAAATTCTTCAAATCACTCCTGGGATTCAGGACCACCGAAGCTCCCGCCAAACAATCGGCACGTTCAGAGGCTAAACAACCAAAGCGACGGTGGAGTTTTGCAAAATCGTACAGAGGAATTTCCCAGCGTCGTCTCCGGGACACTTCCAGTTCTTTCGACGGCACCTCACTCCACCATTATCATCGTAATCCAACTGACAATGAAGATCCCAATGAGCACGCGATTGCGCTTGTTGCGGCCACCGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

676 aa · LXL04_029639|LXL04_029639|OH1004|PROTEIN

MGKASKFFKSLLGFRTTEAPAKQSARSEAKQPKRRWSFAKSYRGISQRRLRDTSSSFDGTSLHHYHRNPTDNEDPNEHAIALVAATAAVVDAAVAAAQAAAEVVRITSRSCRTTAYGVREDLAAVKIQSCFRAYLARRALKALKALVKLQAVVRGHILRKQTADMMRRLQALHRAQARARALRSLSTSSHFHHHEPQTPEKIEQFPRNKHDHRSISMKSSSKSYTRDVIAHENDKIVEVDMGQPVITTKGKKLFQHEQIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_029639
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_029639
位置Chr06:96125490-96130171 (-)
描述Similar to MIZ1: Protein MIZU-KUSSEI 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g23060 可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At2g41660 通过维持生长素水平，在侧根发育中发挥作用。
A gene essential for hydrotropism in roots.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0609929104
Hormonal regulation of lateral root development in Arabidopsis modulated by MIZ1 and requirement of GNOM activity for MIZ1 function.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.186270
MIZ1, an essential protein for root hydrotropism, is associated with the cytoplasmic face of the endoplasmic reticulum membrane in Arabidopsis root cells.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2012.01.008
Light and abscisic acid signalling are integrated by MIZ1 gene expression and regulate hydrotropic response in roots of Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2012.02493.x
Overexpression of MIZU-KUSSEI1 enhances the root hydrotropic response by retaining cell viability under hydrostimulated conditions in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs129
At5g07240 可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At5g62070 可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At4g14750 可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029639 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0010091 trichome branching 生物过程
GO:0010274 hydrotropism 生物过程
GO:0051592 response to calcium ion 生物过程
GO:1901020 negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G41660
ath:AT4G14750
ath:AT4G23060
ath:AT5G07240
ath:AT5G62070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.450
排名 1 · LXL04_029639 · OH-1004
细胞核0.339
排名 2 · LXL04_029639 · OH-1004
细胞质0.326
排名 3 · LXL04_029639 · OH-1004
内质网0.058
排名 4 · LXL04_029639 · OH-1004
质体0.042
排名 5 · LXL04_029639 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00612.34IQ123-141 aa
PF13178.12DUF4005283-341 aa
PF04759.19DUF617517-675 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_029639PF00612.34IQ1231413.8e-0936.2
LXL04_029639PF13178.12DUF40052833414.9e-1143.8
LXL04_029639PF04759.19DUF6175176758.7e-62208.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q2NNE0拟南芥Protein IQ-DOMAIN 2237.223%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O22227拟南芥Protein MIZU-KUSSEI 144.681%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LYP2拟南芥Protein IQ-DOMAIN 2438.079%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FIT1拟南芥Protein IQ-DOMAIN 2336.997%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A0A1P8B590拟南芥Protein IQ-DOMAIN 1929.167%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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