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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_029562
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 93933567-93939539 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3822 bp · LXL04_029562|LXL04_029562|OH1004|cDNA

ATGGTAGACGGTTCGCTGTATTCACCTCTGCAACCTAATCCACCATCTGAAACAGACGAAAATGTTACTCCGATGGCCAAAGCCGGAATGTTAAGTAAAAGCACATTCTGGTGGCTAAATCCGTTGATGAGAAAAGGAAAAAGTAAAGTTCTCGACGATAAAGACATCCCAAAGTTAAGAAAAGAAGACACATCAGAAGAATGTTACACCAGATTCATGGAGACGCTGGAGAAACGGCGAGCAAAGAGTGTTTCCGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3822 bp · LXL04_029562|LXL04_029562|OH1004|CDS

ATGGTAGACGGTTCGCTGTATTCACCTCTGCAACCTAATCCACCATCTGAAACAGACGAAAATGTTACTCCGATGGCCAAAGCCGGAATGTTAAGTAAAAGCACATTCTGGTGGCTAAATCCGTTGATGAGAAAAGGAAAAAGTAAAGTTCTCGACGATAAAGACATCCCAAAGTTAAGAAAAGAAGACACATCAGAAGAATGTTACACCAGATTCATGGAGACGCTGGAGAAACGGCGAGCAAAGAGTGTTTCCGGTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1273 aa · LXL04_029562|LXL04_029562|OH1004|PROTEIN

MVDGSLYSPLQPNPPSETDENVTPMAKAGMLSKSTFWWLNPLMRKGKSKVLDDKDIPKLRKEDTSEECYTRFMETLEKRRAKSVSGGHGDSDPSLLSTLFVWQWKGLVITGFFALIKVLALASGPLILRAFIQLVQGKESFKNEGYFLTAGLFLAKCLESISERQLKFRSRLIGLQLKSMLCAAIYKKQLRLSNDAKLIYSPGQIMNYATVDANRIGEVPFWFHNVWTIALQICLGILIIYYSIGAATIAALLAIILTVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_029562
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_029562
位置Chr06:93933567-93939539 (+)
描述Similar to ABCC10: ABC transporter C family member 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g59140 谷胱甘肽 S-结合物泵。 暂无已核实直接文献
At1g04120 谷胱甘肽 S-结合物泵。
The Arabidopsis thaliana ABC transporter AtMRP5 controls root development and stomata movement.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.8.1875
The plant multidrug resistance ABC transporter AtMRP5 is involved in guard cell hormonal signalling and water use.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.016012.x
Binding of sulfonylurea by AtMRP5, an Arabidopsis multidrug resistance-related protein that functions in salt tolerance.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.027045
The Arabidopsis ATP-binding cassette protein AtMRP5/AtABCC5 is a high affinity inositol hexakisphosphate transporter involved in guard cell signaling and phytate storage.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.030247

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0142800 ABC 转运蛋白，可能影响植酸转运和区室化。
Mutations of the multi-drug resistance-associated protein ABC transporter gene 5 result in reduction of phytic acid in rice seeds.2009 · DOI: 10.1007/s00122-009-1018-1
UniProt: A2XCD4 ABC 转运蛋白，可能影响植酸转运和区室化。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008281 sulfonylurea receptor activity 分子功能
GO:0008559 ABC-type xenobiotic transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04120
ath:AT3G59140
dosa:Os03g0142800
zma:100125659
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.384
排名 1 · LXL04_029562 · OH-1004
溶酶体／液泡0.269
排名 2 · LXL04_029562 · OH-1004
内质网0.192
排名 3 · LXL04_029562 · OH-1004
细胞质0.156
排名 4 · LXL04_029562 · OH-1004
高尔基体0.102
排名 5 · LXL04_029562 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane108-372 aa
PF00005.34ABC_tran438-572 aa
PF00664.29ABC_membrane715-966 aa
PF00005.34ABC_tran1047-1195 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_029562PF00664.29ABC_membrane1083725e-45155.0
LXL04_029562PF00005.34ABC_tran4385728.6e-52176.1
LXL04_029562PF00664.29ABC_membrane7159665e-45155.0
LXL04_029562PF00005.34ABC_tran104711958.6e-52176.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LYS2拟南芥ABC transporter C family member 1056.386%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7GB25拟南芥ABC transporter C family member 543.357%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q10RX7水稻ABC transporter C family member 1344.095%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A2XCD4水稻ABC transporter C family member 1344.095%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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