LXL04_029515 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029515

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 92683439-92685652 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1041 bp · LXL04_029515|LXL04_029515|OH1004|cDNA

ATGGCGCCACCGCATTGTGTTCTGGTCACCGGTGGTGCCGGCTACATTGGAAGTCACACCGTGTTACAGCTACTGCTAGGCGGTTACAAGACGGTTGTGATTGATAATCTTGACAACTCATCACAAATCGCTATCAATCGAGTTCAAGAACTCGCTGGTGATCATGCGGCTAACCTAGTTTTTCATCAGATAGACATCAGGGACAAGGTTGCATTAGAGAAGCTTTTTGCTTCCACAAAATTTGATGCAGTTATACATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1041 bp · LXL04_029515|LXL04_029515|OH1004|CDS

ATGGCGCCACCGCATTGTGTTCTGGTCACCGGTGGTGCCGGCTACATTGGAAGTCACACCGTGTTACAGCTACTGCTAGGCGGTTACAAGACGGTTGTGATTGATAATCTTGACAACTCATCACAAATCGCTATCAATCGAGTTCAAGAACTCGCTGGTGATCATGCGGCTAACCTAGTTTTTCATCAGATAGACATCAGGGACAAGGTTGCATTAGAGAAGCTTTTTGCTTCCACAAAATTTGATGCAGTTATACATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

346 aa · LXL04_029515|LXL04_029515|OH1004|PROTEIN

MAPPHCVLVTGGAGYIGSHTVLQLLLGGYKTVVIDNLDNSSQIAINRVQELAGDHAANLVFHQIDIRDKVALEKLFASTKFDAVIHFAGLKAVGESVEKPLMYYDNNVVGTLTLLEVMNTHGCKKIVFSSSATVYGWPKEVPCTEDFPLSAANPYGRTKLMIEDIFRDIYASDCGWKMIMLRYFNPVGAHPSGYIGEDPLGTPNNLMPFVQQVAVGRIPALKIFGTDYSTKDGTGVRDYIHVSDLANGHMAALRKLSDPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029515`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029515

位置 Chr06:92683439-92685652 (-)

描述 Similar to UDP-glucose 4-epimerase GEPI48

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10960`	催化 UDP-葡萄糖和 UDP-半乳糖之间的相互转化。	Distinct properties of the five UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase isoforms of Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m512727200 Bifunctional cytosolic UDP-glucose 4-epimerases catalyse the interconversion between UDP-D-xylose and UDP-L-arabinose in plants.2009 · DOI: 10.1042/bj20091025
`At1g64440`	催化 UDP-葡萄糖和 UDP-半乳糖之间的相互转化。	Galactose biosynthesis in Arabidopsis: genetic evidence for substrate channeling from UDP-D-galactose into cell wall polymers.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(02)01260-5 Growth regulators and the control of nucleotide sugar flux.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019661 The reb1-1 mutation of Arabidopsis. Effect on the structure and localization of galactose-containing cell wall polysaccharides.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.074997 Distinct properties of the five UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase isoforms of Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m512727200 UDP-glucose 4-epimerase isoforms UGE2 and UGE4 cooperate in providing UDP-galactose for cell wall biosynthesis and growth of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049619 Bifunctional cytosolic UDP-glucose 4-epimerases catalyse the interconversion between UDP-D-xylose and UDP-L-arabinose in plants.2009 · DOI: 10.1042/bj20091025
`At4g23920`	催化 UDP-葡萄糖和 UDP-半乳糖之间的相互转化。	Distinct properties of the five UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase isoforms of Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m512727200 UDP-glucose 4-epimerase isoforms UGE2 and UGE4 cooperate in providing UDP-galactose for cell wall biosynthesis and growth of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049619 Bifunctional cytosolic UDP-glucose 4-epimerases catalyse the interconversion between UDP-D-xylose and UDP-L-arabinose in plants.2009 · DOI: 10.1042/bj20091025

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0595100`	催化 UDP-葡萄糖和 UDP-半乳糖之间的相互转化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029515 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005996 monosaccharide metabolic process 生物过程

GO:0006012 galactose metabolic process 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009969 xyloglucan biosynthetic process 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005795 Golgi stack 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003978 UDP-glucose 4-epimerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64440

ath:AT4G10960

ath:AT4G23920

dosa:Os05g0595100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.722

排名 1 · LXL04_029515 · OH-1004

细胞核0.273

排名 2 · LXL04_029515 · OH-1004

线粒体0.095

排名 3 · LXL04_029515 · OH-1004

过氧化物酶体0.082

排名 4 · LXL04_029515 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 5 · LXL04_029515 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short6-96 aa

PF01370.28Epimerase7-269 aa

PF02719.22Polysacc_synt_27-189 aa

PF04321.24RmlD_sub_bind7-168 aa

PF08659.17KR7-139 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd8-331 aa

PF01073.263Beta_HSD8-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029515	`PF00106.32`	adh_short	6	96	5.2e-06	26.8
LXL04_029515	`PF01370.28`	Epimerase	7	269	3.8e-57	194.2
LXL04_029515	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	7	189	2.3e-17	63.9
LXL04_029515	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	7	168	3.6e-10	40.1
LXL04_029515	`PF08659.17`	KR	7	139	1.4e-06	29.0
LXL04_029515	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	8	331	3.8e-65	221.3
LXL04_029515	`PF01073.26`	3Beta_HSD	8	260	4.9e-16	59.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SN58`	拟南芥	UDP-glucose 4-epimerase 5	78.761%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C7W7`	拟南芥	UDP-glucose 4-epimerase 4	78.635%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T0A7`	拟南芥	UDP-glucose 4-epimerase 2	79.042%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LNZ3`	水稻	UDP-glucose 4-epimerase 1	76.991%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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