LXL04_029472 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029472

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 91600957-91603096 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

915 bp · LXL04_029472|LXL04_029472|OH1004|cDNA

ATGGACAGGCCTCACTGGCCACAGGAGATAGTGGTGAAGCCAATGGAACAAATAGTAGTACCCAACACCAACACCACAAACTCAAATAACAATTTTAACAATCTCTCAAAGCCATCTTCAAGCTCTTCCTCTTTTGAAAGAAGGCTAAGACCACAAAAAGCTGCCGCCGTCAACTGTCCGAGGTATTGGACCGAAGGAGGGACACTCAGAAACATCCCGGTTGGCGGCGGTTCAAGAAAGAACAAGcgatcatcatcttc...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · LXL04_029472|LXL04_029472|OH1004|CDS

ATGGACAGGCCTCACTGGCCACAGGAGATAGTGGTGAAGCCAATGGAACAAATAGTAGTACCCAACACCAACACCACAAACTCAAATAACAATTTTAACAATCTCTCAAAGCCATCTTCAAGCTCTTCCTCTTTTGAAAGAAGGCTAAGACCACAAAAAGCTGCCGCCGTCAACTGTCCGAGGTATTGGACCGAAGGAGGGACACTCAGAAACATCCCGGTTGGCGGCGGTTCAAGAAAGAACAAGCGATCATCATCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

304 aa · LXL04_029472|LXL04_029472|OH1004|PROTEIN

MDRPHWPQEIVVKPMEQIVVPNTNTTNSNNNFNNLSKPSSSSSSFERRLRPQKAAAVNCPRYWTEGGTLRNIPVGGGSRKNKRSSSSSSTTSSSQTSVSKKLSDLVVPSASTSVLSGNPRIHHDRYGQDLNLGNTNSSASTTTSASLSAMELLTGITARGTTNNCLMPIPIADPNSVYSQSAQLMIPMPEFKIPTSLSFSIDGMATGGGGGGSGGGGTYGIALHDRRLLFPFEELKSNASTNLDDQHVGQDRDQNDEIQD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029472`
TK1151 ID	TkA07G314540
OH-1004 ID	LXL04_029472
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.754 / OH-1004 83.882 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029472

位置 Chr06:91600957-91603096 (-)

描述 Similar to DOF4.6: Dof zinc finger protein DOF4.6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24060`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g61850`	特异性参与种子萌发母本调控的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g64620`	能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0567800`	可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os02g0673700`	可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029472 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64620

ath:AT3G61850

ath:AT4G24060

dosa:Os02g0673700

dosa:Os04g0567800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.903

排名 1 · LXL04_029472 · OH-1004

细胞质0.163

排名 2 · LXL04_029472 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 3 · LXL04_029472 · OH-1004

内质网0.018

排名 4 · LXL04_029472 · OH-1004

线粒体0.013

排名 5 · LXL04_029472 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02701.21Zn_ribbon_Dof58-83 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029472	`PF02701.21`	Zn_ribbon_Dof	58	83	4.1e-10	40.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LAP8`	拟南芥	Dof zinc finger protein DOF4.6	43.787%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q43385`	拟南芥	Dof zinc finger protein DOF3.7	33.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84JQ8`	拟南芥	Dof zinc finger protein DOF1.8	40.952%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXG8`	水稻	Dof zinc finger protein 1	31.098%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9F1L8`	水稻	Dof zinc finger protein 2	27.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情