LXL04_029208 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029208

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 83778619-83783931 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1986 bp · LXL04_029208|LXL04_029208|OH1004|cDNA

ATGTCTCATATAAGAGAGTTTGAGCACCTCAAAATAACGTTAGAAGCAATAAAATCTGCAACCAACAACTTTGCGGCTGAAAATTGTATCGGTAGAGGCGGATTTGGAAATGTTTATAAGGGGGAAATCATCCATTCTAAGGGGCAATCCATGGTTGCCATTAAGCGTTTAGACCGGGCATTTGGGCAAGGAAACCCTGAGTTTTGGAAAGAAATTACAATGCTTTCTCTATACAAGCATGAAAATTTGGTCCATCTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1986 bp · LXL04_029208|LXL04_029208|OH1004|CDS

ATGTCTCATATAAGAGAGTTTGAGCACCTCAAAATAACGTTAGAAGCAATAAAATCTGCAACCAACAACTTTGCGGCTGAAAATTGTATCGGTAGAGGCGGATTTGGAAATGTTTATAAGGGGGAAATCATCCATTCTAAGGGGCAATCCATGGTTGCCATTAAGCGTTTAGACCGGGCATTTGGGCAAGGAAACCCTGAGTTTTGGAAAGAAATTACAATGCTTTCTCTATACAAGCATGAAAATTTGGTCCATCTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

661 aa · LXL04_029208|LXL04_029208|OH1004|PROTEIN

MSHIREFEHLKITLEAIKSATNNFAAENCIGRGGFGNVYKGEIIHSKGQSMVAIKRLDRAFGQGNPEFWKEITMLSLYKHENLVHLLGFCDENDEKILVYEYAPKKSLDLYLSSNDLTWTQRLKICIGVARGLSYLHSPDTQVRVLHRDIKSSNILLDENWNAKISDFGLSKFAHANKFTFLFTSAVGTVGYCDPLYAETGFLTKESDIYSFGVVLYEMLEERPSITEVVRMLETALGYQTNEENWKPDVNDYFQEEAHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029208`
TK1151 ID	TkA07G284810
OH-1004 ID	LXL04_029208
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029208

位置 Chr06:83778619-83783931 (+)

描述 Similar to TPR2: Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27030`	转录共抑制因子。	暂无已核实直接文献
`At3g16830`	转录共抑制因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0162100`	转录核心抑制因子，参与分支形成调控，推测通过抑制主分支形成并促进次分支形成。	OsLIS-L1 encoding a lissencephaly type-1-like protein with WD40 repeats is required for plant height and male gametophyte formation in rice.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1532-7
`Os03g0254700`	可能是独脚金内酯信号通路的下游调控因子（基于相似性推测）。	MODD Mediates Deactivation and Degradation of OsbZIP46 to Negatively Regulate ABA Signaling and Drought Resistance in Rice.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00171
`Os01g0254100`	可能是独脚金内酯信号通路的下游调控因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029208 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0062208 positive regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0140311 protein sequestering activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16830

ath:AT5G27030

dosa:Os01g0254100

dosa:Os03g0254700

dosa:Os08g0162100

osa:4332285

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.443

排名 1 · LXL04_029208 · OH-1004

细胞核0.309

排名 2 · LXL04_029208 · OH-1004

细胞膜0.261

排名 3 · LXL04_029208 · OH-1004

溶酶体／液泡0.093

排名 4 · LXL04_029208 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 5 · LXL04_029208 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr27-222 aa

PF00069.32Pkinase27-227 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st336-473 aa

PF24814.2WD40_Prp19343-471 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz344-471 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3354-456 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st355-582 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st359-471 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029208	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	27	222	1.6e-41	143.1
LXL04_029208	`PF00069.32`	Pkinase	27	227	2.3e-41	142.7
LXL04_029208	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	336	473	2.5e-13	50.7
LXL04_029208	`PF24814.2`	WD40_Prp19	343	471	9.3e-15	55.1
LXL04_029208	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	344	471	3.8e-11	43.5
LXL04_029208	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	354	456	2.4e-09	37.3
LXL04_029208	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	355	582	1.1e-12	48.5
LXL04_029208	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	359	471	1.6e-15	58.0
LXL04_029208	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	359	471	7.2e-07	29.5
LXL04_029208	`PF24796.2`	WDR55	359	472	4.8e-06	26.6
LXL04_029208	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	363	579	9.7e-14	52.0
LXL04_029208	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	363	471	2.4e-10	41.0
LXL04_029208	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	369	475	9e-08	32.4
LXL04_029208	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	376	459	7.4e-10	39.4
LXL04_029208	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	381	466	2.1e-06	27.4
LXL04_029208	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	387	469	2e-08	34.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JM4`	拟南芥	Topless-related protein 3	54.933%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LRZ0`	拟南芥	Topless-related protein 2	53.867%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0J7U6`	水稻	Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2	59.474%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10NY2`	水稻	Protein TPR3	53.050%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5NBT9`	水稻	Protein TPR1	53.927%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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