LXL04_029180 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029180

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 82723409-82739881 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4260 bp · LXL04_029180|LXL04_029180|OH1004|cDNA

ATGGCCCCCACAATTGCAGAATCTGAAGCTGATGGCATTGCTAGTAGTGCTAATCAGCTCTCAGAATGTGCATTGTTGATTGACTCCACTCGGAAATCAGAATCTGTCTTCGAATACATTAATAAGTGTGTTATATGGTCGCCGAAGATGATTCTGAATCTGGCGGATGATGATGGCTGTGAATCGGTTAAAGGCTTCAGTGAGCATCCCAGTTCGATGTCGGAGACAGTCTCGAGAGGAACTAAGAGGATGACACCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4260 bp · LXL04_029180|LXL04_029180|OH1004|CDS

ATGGCCCCCACAATTGCAGAATCTGAAGCTGATGGCATTGCTAGTAGTGCTAATCAGCTCTCAGAATGTGCATTGTTGATTGACTCCACTCGGAAATCAGAATCTGTCTTCGAATACATTAATAAGTGTGTTATATGGTCGCCGAAGATGATTCTGAATCTGGCGGATGATGATGGCTGTGAATCGGTTAAAGGCTTCAGTGAGCATCCCAGTTCGATGTCGGAGACAGTCTCGAGAGGAACTAAGAGGATGACACCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1419 aa · LXL04_029180|LXL04_029180|OH1004|PROTEIN

MAPTIAESEADGIASSANQLSECALLIDSTRKSESVFEYINKCVIWSPKMILNLADDDGCESVKGFSEHPSSMSETVSRGTKRMTPDKSCEKSAKCSPKLTPGNSPTSEKCMRSSTGMEVNGTDLDPLPPTLNAHDSNFVYNDDASPVPLTIDQSIITPSVPGECNGTKSDAFPLTSNRHSSDFLYNDNDSPAPLTTDASIITLKCASQNKSVPGEPNGTESDAFPLTSHGLNSDFVYNDDDSPVPLTIDKSIITAKNAY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029180`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029180

位置 Chr06:82723409-82739881 (+)

描述 Similar to CMT2: DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19020`	可能参与CpXpG甲基化及基因沉默。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q5KQL9`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os03g0226800`	参与CpXpG DNA甲基化（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`Os10g0104900`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029180 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程

GO:0141010 transposable element silencing by siRNA-mediated DNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0032183 SUMO binding 分子功能

GO:0051720 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G19020

dosa:Os03g0226800

dosa:Os05g0224800

dosa:Os05g0224900

dosa:Os10g0104900

osa:4338140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.839

排名 1 · LXL04_029180 · OH-1004

细胞质0.171

排名 2 · LXL04_029180 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_029180 · OH-1004

线粒体0.029

排名 4 · LXL04_029180 · OH-1004

内质网0.028

排名 5 · LXL04_029180 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01426.25BAH387-500 aa

PF00385.31Chromo634-689 aa

PF00145.24DNA_methylase698-1056 aa

PF13966.12zf-RVT1183-1268 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029180	`PF01426.25`	BAH	387	500	1.9e-16	60.8
LXL04_029180	`PF00385.31`	Chromo	634	689	9.4e-12	45.4
LXL04_029180	`PF00145.24`	DNA_methylase	698	1056	8e-43	147.8
LXL04_029180	`PF13966.12`	zf-RVT	1183	1268	4.3e-19	69.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F87`	拟南芥	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2	59.566%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5KQL9`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2	53.618%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0A0P0VUY4`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT1	49.631%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0SQ89`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3	50.775%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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