LXL04_029094 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029094

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 80685676-80688043 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1221 bp · LXL04_029094|LXL04_029094|OH1004|cDNA

ATGGTTCTGCCGAGTACGGCAGCAGTAATACTTCTCACGGCACTCATTACTTACCCTTCCTCCGGATTCTCTTCTATCGCCGAAAATGCATACCCCTCTGATCCATATATCGCCGCCGTGACATCCTGCGACCTCGACGAGGGCGGCCGGGTCTCCCCTATCCGCAGAGAAGTGTACGATGAGGGTCGTATCATTGACATAAGTCACCGGTACCACCCTGACATGCCGTCATGGGGATCGGACGACGGCCTTGGAGAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1221 bp · LXL04_029094|LXL04_029094|OH1004|CDS

ATGGTTCTGCCGAGTACGGCAGCAGTAATACTTCTCACGGCACTCATTACTTACCCTTCCTCCGGATTCTCTTCTATCGCCGAAAATGCATACCCCTCTGATCCATATATCGCCGCCGTGACATCCTGCGACCTCGACGAGGGCGGCCGGGTCTCCCCTATCCGCAGAGAAGTGTACGATGAGGGTCGTATCATTGACATAAGTCACCGGTACCACCCTGACATGCCGTCATGGGGATCGGACGACGGCCTTGGAGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

406 aa · LXL04_029094|LXL04_029094|OH1004|PROTEIN

MVLPSTAAVILLTALITYPSSGFSSIAENAYPSDPYIAAVTSCDLDEGGRVSPIRREVYDEGRIIDISHRYHPDMPSWGSDDGLGEFLWLPASMKNGSLANNSEMKIPTHTGTHVDAPGHVYDHYFDAGFDVDTLDLHVLNEFLSKMMSPKLIFLMLFIPYVSSSSHDSAYPPPYGEELIPPRREVYGSGRIYDITHRVTSGTLSGVSDDGIGEYLTLFQSMKNGSDYNFSIIKLPAHSGTHVDAPGHFYENYFEAGFDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029094`
TK1151 ID	TkA07G271800
OH-1004 ID	LXL04_029094
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	68.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029094

位置 Chr06:80685676-80688043 (-)

描述 Similar to CYCLASE2: Cyclase-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35220`	可能与 CYCLASE1 在正常植物生长、发育和存活中功能重叠。	暂无已核实直接文献
`At1g44542`	类环化酶蛋白 3。	暂无已核实直接文献
`At4g34180`	作为伏马菌素B1和病原体诱导的程序性细胞死亡（PCD）的负调控因子，并调控病原体诱导的症状发生。	A Novel Function for Arabidopsis CYCLASE1 in Programmed Cell Death Revealed by Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation (iTRAQ) Analysis of Extracellular Matrix Proteins.2015 · DOI: 10.1074/mcp.m114.045054

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0319900`	可能参与对胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`Os09g0110300`	可能参与调控植物对环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0019441 L-tryptophan catabolic process to L-kynurenine 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0071944 cell periphery 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0004061 arylformamidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35220

dosa:Os08g0319900

dosa:Os09g0110300

osa:4345252

osa:4346391

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.365

排名 1 · LXL04_029094 · OH-1004

细胞外0.286

排名 2 · LXL04_029094 · OH-1004

细胞质0.186

排名 3 · LXL04_029094 · OH-1004

内质网0.171

排名 4 · LXL04_029094 · OH-1004

细胞膜0.104

排名 5 · LXL04_029094 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04199.20Cyclase65-137 aa

PF04199.20Cyclase194-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029094	`PF04199.20`	Cyclase	65	137	2.8e-31	109.3
LXL04_029094	`PF04199.20`	Cyclase	194	348	2.8e-31	109.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JT5`	拟南芥	Cyclase-like protein 2	75.758%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94LA9`	拟南芥	Cyclase-like protein 3	65.639%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93V74`	拟南芥	Cyclase-like protein 1	66.079%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0J6H8`	水稻	Cyclase-like protein 3	71.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YX89`	水稻	Cyclase-like protein 4	68.122%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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