LXL04_028714 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028714

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 56783842-56793146 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4008 bp · LXL04_028714|LXL04_028714|OH1004|cDNA

ATGCTACGTCTGAAAGCATTTCGGCCTACGAATGACAAGATTGTGAAGATCCAATTGCACCCTACTCATCCGTGGCTTGTCACAGCTGATGCATCGGATCACGTCTCAGTCTGGAACTGGGAGCACCGCCAGGTGATATACGAGTTAAAAGCTGGGGGTGTTGATGAACGGCGTTTGGTTGGTGCCAAGCTAGAGAAACTTGCAGAGGGAGAATCAGAGTCTAAAGGGAAACCAACAGAAGCCCTACGTGGAGGGAGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4008 bp · LXL04_028714|LXL04_028714|OH1004|CDS

ATGCTACGTCTGAAAGCATTTCGGCCTACGAATGACAAGATTGTGAAGATCCAATTGCACCCTACTCATCCGTGGCTTGTCACAGCTGATGCATCGGATCACGTCTCAGTCTGGAACTGGGAGCACCGCCAGGTGATATACGAGTTAAAAGCTGGGGGTGTTGATGAACGGCGTTTGGTTGGTGCCAAGCTAGAGAAACTTGCAGAGGGAGAATCAGAGTCTAAAGGGAAACCAACAGAAGCCCTACGTGGAGGGAGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1335 aa · LXL04_028714|LXL04_028714|OH1004|PROTEIN

MLRLKAFRPTNDKIVKIQLHPTHPWLVTADASDHVSVWNWEHRQVIYELKAGGVDERRLVGAKLEKLAEGESESKGKPTEALRGGSVRQVSFYDDDVRYWQLWRNRSAAAEPPSAVNQLTSAFNSPAPSTKGRHFLVICCENKAIFLDLVTMRGRDVPKQDLDNRSLVCMEFLSKSSGGDGPLVAFGSSDGVIRVLSMITWKLVRRYTGGHKGSIACLMTFMASSGEALLVSGGSDGALVLWSADHGQDSRELVPKLSFK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028714`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_028714`
位置	Chr06:56783842-56793146 (-)
描述	Similar to tstF: TSET complex member tstF
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028714` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0287679 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.546

排名 1 · LXL04_028714 · OH-1004

高尔基体0.245

排名 2 · LXL04_028714 · OH-1004

细胞核0.202

排名 3 · LXL04_028714 · OH-1004

溶酶体／液泡0.169

排名 4 · LXL04_028714 · OH-1004

细胞膜0.145

排名 5 · LXL04_028714 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz138-319 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd172-306 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st180-299 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5180-306 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st180-306 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st180-304 aa

PF23393.3Beta-prop_WDR90_POC16_2nd183-304 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3229-305 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028714	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	138	319	2.5e-08	34.3
LXL04_028714	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	172	306	5.4e-07	29.8
LXL04_028714	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	180	299	1.6e-10	41.7
LXL04_028714	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	180	306	9.1e-10	39.0
LXL04_028714	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	180	306	5.6e-09	36.5
LXL04_028714	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	180	304	1.9e-08	34.6
LXL04_028714	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	183	304	2.5e-06	27.7
LXL04_028714	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	229	305	1.1e-12	48.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情