LXL04_028549 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028549

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 45364223-45369948 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2532 bp · LXL04_028549|LXL04_028549|OH1004|cDNA

ATGAAGGTGGTTGGATTGGATTATTATAGTACGACAGGGCGGATGATGATGCCAAATGAGGAATCTTCAAAGATAGCCATTGATGACTTTGGAAGCTCAAGGCTATTGCACGACATTGAAGAAATAAGCAAAGCATTATATCTTCACGACACCCCACCAAAGATACCAGATCAAACCCCACGAAAAACAAACCATACAAATGATGATCTCTTACCAAATCACAAGAAATCTTCTATATGGAAATGGAAGCCTTTAAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2532 bp · LXL04_028549|LXL04_028549|OH1004|CDS

ATGAAGGTGGTTGGATTGGATTATTATAGTACGACAGGGCGGATGATGATGCCAAATGAGGAATCTTCAAAGATAGCCATTGATGACTTTGGAAGCTCAAGGCTATTGCACGACATTGAAGAAATAAGCAAAGCATTATATCTTCACGACACCCCACCAAAGATACCAGATCAAACCCCACGAAAAACAAACCATACAAATGATGATCTCTTACCAAATCACAAGAAATCTTCTATATGGAAATGGAAGCCTTTAAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

843 aa · LXL04_028549|LXL04_028549|OH1004|PROTEIN

MKVVGLDYYSTTGRMMMPNEESSKIAIDDFGSSRLLHDIEEISKALYLHDTPPKIPDQTPRKTNHTNDDLLPNHKKSSIWKWKPLKALTHFHNHKITSSFFLHVHSIEGLPLNFNDLSLCVYWKRKHEVLKTRSIRVKEGVAGFEETLTHKCSIYIGKTDHDNVAKYEPKLSLLYVSIVGVPSLDLGNHWIDLTRLLPLTSMELEEEKNRNGKWKTSFKLTGKAKGAIINVSFGFSLSGNLDKIPNKENRNLGRLQRVRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028549`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028549

位置 Chr06:45364223-45369948 (-)

描述 Similar to PMIR2: Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26160`	叶绿体和核光重定位运动似乎不是必需的。	PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1 and PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1-RELATED1 Mediate Photorelocation Movements of Both Chloroplasts and Nuclei.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00214
`At5g20610`	与 PMI1 一起，通过调节铺面细胞中的叶绿体肌动蛋白丝来进行叶绿体和核光重定位运动所必需的。	PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1 and PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1-RELATED1 Mediate Photorelocation Movements of Both Chloroplasts and Nuclei.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00214
`At1g42550`	通过调节叶肉细胞中的叶绿体肌动蛋白丝以及与路面细胞中的 PMIR1 一起进行叶绿体和核光重定位运动所必需的。	A plant-specific protein essential for blue-light-induced chloroplast movements.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.061887

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028549 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009902 chloroplast relocation 生物过程

GO:0009903 chloroplast avoidance movement 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程

GO:0031022 nuclear migration along microfilament 生物过程

GO:1902265 abscisic acid homeostasis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G42550

ath:AT5G20610

ath:AT5G26160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.381

排名 1 · LXL04_028549 · OH-1004

细胞核0.352

排名 2 · LXL04_028549 · OH-1004

细胞膜0.282

排名 3 · LXL04_028549 · OH-1004

内质网0.090

排名 4 · LXL04_028549 · OH-1004

质体0.073

排名 5 · LXL04_028549 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10358.16NT-C295-239 aa

PF21745.3PMI1_PMIR1-2_C567-630 aa

PF21745.3PMI1_PMIR1-2_C632-679 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028549	`PF10358.16`	NT-C2	95	239	2.2e-17	63.7
LXL04_028549	`PF21745.3`	PMI1_PMIR1-2_C	567	630	9.9e-22	78.8
LXL04_028549	`PF21745.3`	PMI1_PMIR1-2_C	632	679	9.9e-22	78.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7Y219`	拟南芥	Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 2	32.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4K5K6`	拟南芥	Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 1	36.881%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C8E6`	拟南芥	Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1	21.893%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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