基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_028381
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 39486830-39490738
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1845 bp · LXL04_028381|LXL04_028381|OH1004|cDNA
ATGGCGGACGTGGATGCTAACGTCTCAATCGGCAACTCAGCGCCTGCTCCACCGGAGTCAGAGGTTTTAAGCAAGAATGCTCAAAAGAAGGAGCTAAAGAACAAACAGAAGGAGGAAGAGAGGCGTCGCAAGGAAGAGGAGAAGGCGAAAAAGGCTGCTGCCATGCCAAAGTCTGCAGTACAGAAGCAGTCTGCTGCAGATGATGAAGACATGGATCCAACGCAATATTTTGAAAACCGCCTGAAAACACTTGCTACTCA...
CDS
下载 CDS FASTA1845 bp · LXL04_028381|LXL04_028381|OH1004|CDS
ATGGCGGACGTGGATGCTAACGTCTCAATCGGCAACTCAGCGCCTGCTCCACCGGAGTCAGAGGTTTTAAGCAAGAATGCTCAAAAGAAGGAGCTAAAGAACAAACAGAAGGAGGAAGAGAGGCGTCGCAAGGAAGAGGAGAAGGCGAAAAAGGCTGCTGCCATGCCAAAGTCTGCAGTACAGAAGCAGTCTGCTGCAGATGATGAAGACATGGATCCAACGCAATATTTTGAAAACCGCCTGAAAACACTTGCTACTCA...
614 aa · LXL04_028381|LXL04_028381|OH1004|PROTEIN
MADVDANVSIGNSAPAPPESEVLSKNAQKKELKNKQKEEERRRKEEEKAKKAAAMPKSAVQKQSAADDEDMDPTQYFENRLKTLATQKAAGNNPYPHKFHVSMSILEYINKYESLNNGDHLEDVQVSLAGRLMNKRSSSSKLFFYDLHGTGGKVQVMADARKSDLDEEEFTKYHSGVKRGDIVGIVGFPGKSKRGELSIFPKTFTVLSHCLHMMPRQKSAAVAENANVKKIDAWTPGSGRNPEAYILKDQETRYRQRYLD...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_028381 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_028381 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:39486830-39490738 (+) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to At3g11710: Lysine--tRNA ligase, cytoplasmic | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006430 lysyl-tRNA aminoacylation 生物过程 GO:0010165 response to X-ray 生物过程 GO:0015966 diadenosine tetraphosphate biosynthetic process 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0070371 ERK1 and ERK2 cascade 生物过程 GO:0005615 extracellular space 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G11710 dosa:Os03g0586800 mmu:85305 sly:778357 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.661
细胞核0.315
线粒体0.154
细胞膜0.040
过氧化物酶体0.039
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF01336.32tRNA_anti-codon126-207 aaPF00152.26tRNA-synt_2249-598 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_028381 | PF01336.32 | tRNA_anti-codon | 126 | 207 | 4.1e-12 | 46.6 |
| LXL04_028381 | PF00152.26 | tRNA-synt_2 | 249 | 598 | 6.6e-93 | 311.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。