LXL04_028318 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028318

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 37536389-37544518 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2565 bp · LXL04_028318|LXL04_028318|OH1004|cDNA

ATGGCTTCGAATTGTAGTTCTTTAAAGGGCACATTTCTTCCGACAACCATAACGAAAGATGGTTACAGCTCTACTAGTTTGCTTAATCCATCCATCTACCCAATTTTATCGCTAAAAAAGCAAAAGTTCGCGGGAATTGTGGTTGTTGCAAAGTACAATGCGTCTAAGGATAAAGAAGAGCTTATAACAAAGACTATGAGTATGGGAACAACTCTCAAGTACTCTGGCGAGAAACCAAAAACCCCAATTTTGGATACCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2565 bp · LXL04_028318|LXL04_028318|OH1004|CDS

ATGGCTTCGAATTGTAGTTCTTTAAAGGGCACATTTCTTCCGACAACCATAACGAAAGATGGTTACAGCTCTACTAGTTTGCTTAATCCATCCATCTACCCAATTTTATCGCTAAAAAAGCAAAAGTTCGCGGGAATTGTGGTTGTTGCAAAGTACAATGCGTCTAAGGATAAAGAAGAGCTTATAACAAAGACTATGAGTATGGGAACAACTCTCAAGTACTCTGGCGAGAAACCAAAAACCCCAATTTTGGATACCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

854 aa · LXL04_028318|LXL04_028318|OH1004|PROTEIN

MASNCSSLKGTFLPTTITKDGYSSTSLLNPSIYPILSLKKQKFAGIVVVAKYNASKDKEELITKTMSMGTTLKYSGEKPKTPILDTVNNPVHMKNLNVEELENLADELREEIVYTVSKTGGHLSSNLGVVELTISLHFVFDTPDDKIIWDVGHQSYPHKILTGRRSRMGTIRQTCGLASFPKREESPHDAFGVGHSSTSISAGLGMAVGRDLVGKNNHVIAVIGDGAMTAGQAYEAINNAGYMDANFIIVLNDNRQVSLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028318`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028318

位置 Chr06:37536389-37544518 (-)

描述 Similar to Os07g0190000: Probable 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15560`	催化丙酮酸的 2 号和 3 号碳原子与 3-磷酸甘油醛之间的偶姻缩合反应，生成 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸。	Analysis of the expression of CLA1, a gene that encodes the 1-deoxyxylulose 5-phosphate synthase of the 2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate pathway in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1104/pp.124.1.95 CLA1, a novel gene required for chloroplast development, is highly conserved in evolution.1996 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1996.9050649.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0190000`	催化丙酮酸的C2和C3原子与甘油醛-3-磷酸之间的醇酸缩合反应，生成1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸（DXP）。	暂无已核实直接文献
`Os05g0408900`	催化丙酮酸的C2和C3原子与甘油醛-3-磷酸之间的醇酸缩合反应，生成1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸（DXP）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028318 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009228 thiamine biosynthetic process 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0008661 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity 分子功能

GO:0016744 transketolase or transaldolase activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15560

dosa:Os07g0190000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.893

排名 1 · LXL04_028318 · OH-1004

线粒体0.095

排名 2 · LXL04_028318 · OH-1004

细胞质0.048

排名 3 · LXL04_028318 · OH-1004

细胞核0.027

排名 4 · LXL04_028318 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 5 · LXL04_028318 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13292.12DXP_synthase_N84-369 aa

PF00676.26E1_dh197-255 aa

PF02779.30Transket_pyr405-471 aa

PF02779.30Transket_pyr613-693 aa

PF02780.26Transketolase_C711-834 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028318	`PF13292.12`	DXP_synthase_N	84	369	1.2e-105	353.4
LXL04_028318	`PF00676.26`	E1_dh	197	255	6.1e-06	26.1
LXL04_028318	`PF02779.30`	Transket_pyr	405	471	4.2e-35	121.7
LXL04_028318	`PF02779.30`	Transket_pyr	613	693	4.2e-35	121.7
LXL04_028318	`PF02780.26`	Transketolase_C	711	834	7.3e-30	104.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38854`	拟南芥	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase, chloroplastic	66.337%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YU51`	水稻	Probable 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase 2, chloroplastic	69.690%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22567`	水稻	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase 1, chloroplastic	66.080%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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