LXL04_028313 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028313

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 37355506-37361514 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2649 bp · LXL04_028313|LXL04_028313|OH1004|cDNA

ATGGCAATGGCTGCTTTCAGTGGTATATCACATTGCCATCACAGGCTCTGGTGGCAACCCAACACGTCAAAACTTCCTGTTTCTTGCTCTATGCCTCCTCCTACATTCACAGGTACAAGTCATGGATCTAAAACGGGACCTAGACGTTCCGGAAGATTTGAAGGGGCTGGAAAGAGCATGGAAGATTCCGTGAAGCGCAAAATGGAGAAATTTTATGAAGGGTCAAACGGTCCACCTCTTCGTGTTCTTCCAATTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2649 bp · LXL04_028313|LXL04_028313|OH1004|CDS

ATGGCAATGGCTGCTTTCAGTGGTATATCACATTGCCATCACAGGCTCTGGTGGCAACCCAACACGTCAAAACTTCCTGTTTCTTGCTCTATGCCTCCTCCTACATTCACAGGTACAAGTCATGGATCTAAAACGGGACCTAGACGTTCCGGAAGATTTGAAGGGGCTGGAAAGAGCATGGAAGATTCCGTGAAGCGCAAAATGGAGAAATTTTATGAAGGGTCAAACGGTCCACCTCTTCGTGTTCTTCCAATTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

882 aa · LXL04_028313|LXL04_028313|OH1004|PROTEIN

MAMAAFSGISHCHHRLWWQPNTSKLPVSCSMPPPTFTGTSHGSKTGPRRSGRFEGAGKSMEDSVKRKMEKFYEGSNGPPLRVLPIGGLGEIGMNCMLVGNFDRYILIDAGVMFPDYEDLGVQKIIPDTTFIKKWSHKIEAVVITHGHEDHIGALPWVIPALDSRTPIFASTFTMELIKKRLKESGIFVPSRLKAFKTKRRFQAGPFEIEPIRVTHSIPDCSGLVLRCSDGVILHTGDWKIDESPLDGQVFDREGLEQLSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028313`
TK1151 ID	TkA07G141670
OH-1004 ID	LXL04_028313
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.756 / OH-1004 93.537 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028313

位置 Chr06:37355506-37361514 (+)

描述 Similar to RNJ: Ribonuclease J

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63420`	胚胎发生期间必需的蛋白，特别是在启动和维持芽顶分生组织（SAMs）、子叶和下胚轴的组织结构时。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028313 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009942 longitudinal axis specification 生物过程

GO:0060918 auxin transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63420

cgb:cg2160

cgl:Cgl1970

msb:LJ00_13360

msg:MSMEI_2620

msm:MSMEG_2685

smel:SM2011_c01929

tth:TT_C0775

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.803

排名 1 · LXL04_028313 · OH-1004

线粒体0.106

排名 2 · LXL04_028313 · OH-1004

细胞核0.087

排名 3 · LXL04_028313 · OH-1004

细胞质0.029

排名 4 · LXL04_028313 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 5 · LXL04_028313 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00753.34Lactamase_B94-237 aa

PF12706.14Lactamase_B_2103-239 aa

PF22505.2RNase_J_b_CASP297-422 aa

PF07521.18RMMBL431-483 aa

PF17770.8RNase_J_C534-642 aa

PF13837.13Myb_DNA-bind_4733-817 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028313	`PF00753.34`	Lactamase_B	94	237	2.5e-07	31.6
LXL04_028313	`PF12706.14`	Lactamase_B_2	103	239	1.9e-09	38.1
LXL04_028313	`PF22505.2`	RNase_J_b_CASP	297	422	7.1e-29	100.8
LXL04_028313	`PF07521.18`	RMMBL	431	483	6.1e-09	36.5
LXL04_028313	`PF17770.8`	RNase_J_C	534	642	4e-25	89.5
LXL04_028313	`PF13837.13`	Myb_DNA-bind_4	733	817	3.5e-22	79.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84W56`	拟南芥	Ribonuclease J	67.565%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情