LXL04_028085 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028085

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 30904644-30909700 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3354 bp · LXL04_028085|LXL04_028085|OH1004|cDNA

CGGTTTATTCCCCCTATATTCCAGGTTCTCTTTGCCCTCCGCGTGTACCAGATTCTCTCTCCTCTCGAAATTTCCATTGTCGCAAAACATCATCACAAATCCAGCCATAAATCTCTCACTCCACACACACACAATTCTATCTCCACCAACGAAAAATCTGGGAGTGGCGGAGGTTTAATGGCGGGAAACGATTGGATTAACAGTTACTTGGACGCCATACTTGATGTAGGCCCTGGACTTGACGATGCAAAATCCTCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3177 bp · LXL04_028085|LXL04_028085|OH1004|CDS

ATGGCGGGAAACGATTGGATTAACAGTTACTTGGACGCCATACTTGATGTAGGCCCTGGACTTGACGATGCAAAATCCTCCTTGCTCCTCCGTGAAAGAGGCCGTTTTAGTCCTACACGCTACTTCGTCGACAACGTTATCGGCTTCGATGAGACTGATCTACATCGCTCTTGGGTTAAACCTGTCTATTGTCCCGTACTCCTGACTCCTGTAACTTCGTTTGAACGAGTTGAATTGAATCGCGATGTGTATTGTGCCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1058 aa · LXL04_028085|LXL04_028085|OH1004|PROTEIN

MAGNDWINSYLDAILDVGPGLDDAKSSLLLRERGRFSPTRYFVDNVIGFDETDLHRSWVKPVYCPVLLTPVTSFERVELNRDVYCAQATRSPQERNTRLENMCWRIWNLARQKKQLENEEAHRVAKRRIEREKGRNLAVADMSEDLSEGEKGETMNDVSTLGGDSHRGRLPRMSSVVAMETWANQQKGKKLYLILISLHGLIRGENMELGRDSDTGGQIKYVVELARALASMPGVYRVDLLTRQVASPEVDWSYGEPTEM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028085`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028085

位置 Chr06:30904644-30909700 (-)

描述 Similar to SPS1: Probable sucrose-phosphate synthase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20280`	通过催化 UDP-葡萄糖和果糖-6-磷酸蔗糖生物合成的限速步骤，在光合蔗糖合成中发挥重要作用。	Decrease in leaf sucrose synthesis leads to increased leaf starch turnover and decreased RuBP regeneration-limited photosynthesis but not Rubisco-limited photosynthesis in Arabidopsis null mutants of SPSA1.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2010.02265.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005986 sucrose biosynthetic process 生物过程

GO:0071836 nectar secretion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0046524 sucrose-phosphate synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G20280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.309

排名 1 · LXL04_028085 · OH-1004

细胞核0.292

排名 2 · LXL04_028085 · OH-1004

细胞膜0.138

排名 3 · LXL04_028085 · OH-1004

高尔基体0.101

排名 4 · LXL04_028085 · OH-1004

内质网0.100

排名 5 · LXL04_028085 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00862.27GT-B_Sucrose_synth193-459 aa

PF00534.27Glycos_transf_1495-668 aa

PF13692.13Glyco_trans_1_4500-657 aa

PF05116.20S6PP795-1013 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028085	`PF00862.27`	GT-B_Sucrose_synth	193	459	6.8e-08	32.4
LXL04_028085	`PF00534.27`	Glycos_transf_1	495	668	6.3e-22	78.6
LXL04_028085	`PF13692.13`	Glyco_trans_1_4	500	657	1.4e-14	55.3
LXL04_028085	`PF05116.20`	S6PP	795	1013	2.3e-13	51.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BT0`	拟南芥	Sucrose-phosphate synthase 1	70.980%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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