LXL04_027955 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027955

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 27660053-27661922 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

852 bp · LXL04_027955|LXL04_027955|OH1004|cDNA

ATGGGAGACGAAGAACAAACCAAGAACAACGAAGTAAAAACAGACCATGGCAACGGCCAGCAATCGGGCAAGAAGAGAAAAAAACAGAAAGAAGTTGCCATCTTCGGCAACTACAGGAACTACTACACTTATCGAATTGAACAAGGGTTGGATGAAGATCCTAGGATAAAGATTATGAAAAAGGAATGGTTTGAAGGGAAGACTTGTCTTGACATTGGTTGCAATAGTGGACTGATAACCATTACAATCGCAAAAAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · LXL04_027955|LXL04_027955|OH1004|CDS

ATGGGAGACGAAGAACAAACCAAGAACAACGAAGTAAAAACAGACCATGGCAACGGCCAGCAATCGGGCAAGAAGAGAAAAAAACAGAAAGAAGTTGCCATCTTCGGCAACTACAGGAACTACTACACTTATCGAATTGAACAAGGGTTGGATGAAGATCCTAGGATAAAGATTATGAAAAAGGAATGGTTTGAAGGGAAGACTTGTCTTGACATTGGTTGCAATAGTGGACTGATAACCATTACAATCGCAAAAAACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · LXL04_027955|LXL04_027955|OH1004|PROTEIN

MGDEEQTKNNEVKTDHGNGQQSGKKRKKQKEVAIFGNYRNYYTYRIEQGLDEDPRIKIMKKEWFEGKTCLDIGCNSGLITITIAKNFGCKKIIGVDIDSARIEDAHWNLRKIVKMSERKNQLLMVDKSKDAETNAITITTSTDKTTSEISGDLFNRVSFKKDNFVQSFSTPGEKYDTILCLSVTKWVHLNWGDEGLITLFSKVYRLLEPGGVFILEPQPWKSYVSNRQVSEVASANYKNLEIFPDKFQEILLDKIGFREI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027955`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027955

位置 Chr06:27660053-27661922 (+)

描述 Similar to At5g51130: Probable RNA methyltransferase At5g51130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51130`	可能的RNA甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027955 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0016073 snRNA metabolic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040031 snRNA modification 生物过程

GO:1900087 positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:1904871 positive regulation of protein localization to Cajal body 生物过程

GO:1905382 positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51130

cel:CELE_Y17G7B.18

hsa:56257

mmu:231803

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.691

排名 1 · LXL04_027955 · OH-1004

细胞质0.366

排名 2 · LXL04_027955 · OH-1004

线粒体0.061

排名 3 · LXL04_027955 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 4 · LXL04_027955 · OH-1004

内质网0.029

排名 5 · LXL04_027955 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13489.13Methyltransf_2364-217 aa

PF06325.20PrmA64-111 aa

PF13847.13Methyltransf_3165-111 aa

PF08242.19Methyltransf_1270-111 aa

PF13649.13Methyltransf_2570-110 aa

PF06859.19Bin3175-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027955	`PF13489.13`	Methyltransf_23	64	217	1.4e-11	45.1
LXL04_027955	`PF06325.20`	PrmA	64	111	7.7e-07	29.6
LXL04_027955	`PF13847.13`	Methyltransf_31	65	111	9.5e-08	32.7
LXL04_027955	`PF08242.19`	Methyltransf_12	70	111	7.6e-12	46.5
LXL04_027955	`PF13649.13`	Methyltransf_25	70	110	6.2e-10	40.4
LXL04_027955	`PF06859.19`	Bin3	175	281	2.5e-41	141.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NPC9`	拟南芥	Probable RNA methyltransferase At5g51130	58.868%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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