LXL04_027841 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027841

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 24608189-24609317 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · LXL04_027841|LXL04_027841|OH1004|cDNA

ATGAAGCTCGCATGGCTAAGGTCTCTAGAAACTTCTCACCAAGATTGCGTCTGGGCTTGTACATGGGTCCCTGCCACGGATAAAAGCCCCGGCCTCCTCCTCACCGGATCCCTCGACGAGACGGTGAAGCTATGGAATCCGGAGGACCTCTCCCTTGTCCGTACCAACACCGGACACTGCCTCGGCGTCGTCTCCGTAGCTGCTCATCCTTCCGGTAAAATCGCCGCCTCCGCTTCCATGGACAGCTTCATCCGTGTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · LXL04_027841|LXL04_027841|OH1004|CDS

ATGAAGCTCGCATGGCTAAGGTCTCTAGAAACTTCTCACCAAGATTGCGTCTGGGCTTGTACATGGGTCCCTGCCACGGATAAAAGCCCCGGCCTCCTCCTCACCGGATCCCTCGACGAGACGGTGAAGCTATGGAATCCGGAGGACCTCTCCCTTGTCCGTACCAACACCGGACACTGCCTCGGCGTCGTCTCCGTAGCTGCTCATCCTTCCGGTAAAATCGCCGCCTCCGCTTCCATGGACAGCTTCATCCGTGTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · LXL04_027841|LXL04_027841|OH1004|PROTEIN

MKLAWLRSLETSHQDCVWACTWVPATDKSPGLLLTGSLDETVKLWNPEDLSLVRTNTGHCLGVVSVAAHPSGKIAASASMDSFIRVFDVESNNTIATLEAPPSEVWQMQFDPRGTTLAVAGGSSASVKLWDTAEWKLISTLSIPRPEASKPSDKGNNKKFVLSVAWSSNGRQLACGSMDGSISVFDVQRSKFLHHLDGHTMPVRSLAYSPLDPRVLVSGSDDERIHMYDAEGKTLFSSMSGHSGWVLSVDVSPDGAAIAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027841`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027841

位置 Chr06:24608189-24609317 (-)

描述 Similar to VIP3: WD repeat-containing protein VIP3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29830`	PAF1复合物（PAF1C）的组分，参与组蛋白修饰，如组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化（H3K4me3）。	Genetic analysis of early flowering mutants in Arabidopsis defines a class of pleiotropic developmental regulator required for expression of the flowering-time switch flowering locus C.2003 · DOI: 10.1093/genetics/164.1.347 Non conservation of the meiotic function of the Ski8/Rec103 homolog in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2006.00972.x Context-dependent dual role of SKI8 homologs in mRNA synthesis and turnover.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002652 Enhancement of meristem formation by bouquet-1, a mis-sense allele of the vernalization independence 3 gene encoding a WD40 repeat protein in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/gtc.12014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:1904278 positive regulation of wax biosynthetic process 生物过程

GO:0000791 euchromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G29830

dre:393827

gga:415359

xla:444484

xtr:394466

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.695

排名 1 · LXL04_027841 · OH-1004

细胞质0.420

排名 2 · LXL04_027841 · OH-1004

线粒体0.038

排名 3 · LXL04_027841 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 4 · LXL04_027841 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_027841 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd6-130 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd8-88 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin8-136 aa

PF24814.2WD40_Prp1912-198 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st13-131 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR113-97 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz14-136 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st16-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027841	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	6	130	1.7e-20	74.0
LXL04_027841	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	8	88	1.6e-34	120.2
LXL04_027841	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	8	136	2.9e-12	47.1
LXL04_027841	`PF24814.2`	WD40_Prp19	12	198	4.5e-44	151.3
LXL04_027841	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	13	131	3.3e-51	174.3
LXL04_027841	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	13	97	8.8e-22	78.3
LXL04_027841	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	14	136	9.9e-40	137.4
LXL04_027841	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	16	318	7e-49	167.3
LXL04_027841	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	25	137	3.8e-28	99.3
LXL04_027841	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	26	99	6.4e-56	190.1
LXL04_027841	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	26	147	2.4e-21	77.1
LXL04_027841	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	27	134	3.3e-18	66.7
LXL04_027841	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	28	210	4.2e-35	122.1
LXL04_027841	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	31	142	2.2e-56	192.0
LXL04_027841	`PF24805.2`	EIF3I	32	231	1.5e-22	80.9
LXL04_027841	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	33	132	1.7e-23	83.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZQ5`	拟南芥	WD repeat-containing protein VIP3	74.766%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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