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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027810
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 24349569-24350897 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

732 bp · LXL04_027810|LXL04_027810|OH1004|cDNA

ATGGATGCTGCCGGTGCCGCTGCGTACAATCCTCGGACCGTCGAAGAAGTCTTCAGAGATTACAAAGGCCGTCGAAATGGCATGATCAAAGCCCTCACAACCGATGTTGGAGATTTTTTCCGCCAGTGCGATCCTGAGAAGGAAAATCTCTGCTTATATGGATTCCCTAGCGAACAATGGGAGGTCAACTTACCTGCAGAAGAGGTCCCTCCAGAGCTTCCCGAGCCTGCACTAGGTATCAACTTTGCCAGAGATGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

732 bp · LXL04_027810|LXL04_027810|OH1004|CDS

ATGGATGCTGCCGGTGCCGCTGCGTACAATCCTCGGACCGTCGAAGAAGTCTTCAGAGATTACAAAGGCCGTCGAAATGGCATGATCAAAGCCCTCACAACCGATGTTGGAGATTTTTTCCGCCAGTGCGATCCTGAGAAGGAAAATCTCTGCTTATATGGATTCCCTAGCGAACAATGGGAGGTCAACTTACCTGCAGAAGAGGTCCCTCCAGAGCTTCCCGAGCCTGCACTAGGTATCAACTTTGCCAGAGATGGAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

243 aa · LXL04_027810|LXL04_027810|OH1004|PROTEIN

MDAAGAAAYNPRTVEEVFRDYKGRRNGMIKALTTDVGDFFRQCDPEKENLCLYGFPSEQWEVNLPAEEVPPELPEPALGINFARDGMQENDWLSLVAVHSDAWLLSVAFYFGARFGFDKSDRKRLFNMINDLPTIFEVVSGNSKKQTKMTNHSLHKSKSNTKGQGSESFQGKVNEEEEEDEEDEHGDALCGACGENYASDEFWICCDLCERWFHGKCVKITPAKAEHIKHYKCPSCSNKRARP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027810
TK1151 IDTkA07G095670
OH-1004 IDLXL04_027810
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)89.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.154 / OH-1004 98.354
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027810
位置Chr06:24349569-24350897 (+)
描述Similar to AL5: PHD finger protein ALFIN-LIKE 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g20510 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At3g42790 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At2g02470 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0444900 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2XTW9 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027810 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程
GO:0030003 intracellular monoatomic cation homeostasis 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G02470
ath:AT3G42790
ath:AT5G20510
dosa:Os04g0444900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.881
排名 1 · LXL04_027810 · OH-1004
细胞质0.186
排名 2 · LXL04_027810 · OH-1004
细胞膜0.036
排名 3 · LXL04_027810 · OH-1004
线粒体0.025
排名 4 · LXL04_027810 · OH-1004
内质网0.022
排名 5 · LXL04_027810 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12165.14Alfin13-140 aa
PF00628.36PHD190-236 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027810PF12165.14Alfin131403.5e-68227.9
LXL04_027810PF00628.36PHD1902364.2e-0937.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XEM9拟南芥PHD finger protein ALFIN-LIKE 572.093%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9M2B4拟南芥PHD finger protein ALFIN-LIKE 370.445%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8S8M9拟南芥PHD finger protein ALFIN-LIKE 668.145%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7XUW3水稻PHD finger protein ALFIN-LIKE 461.382%Swiss-Prot强数据库同源证据
A2XTW9水稻PHD finger protein ALFIN-LIKE 460.976%Swiss-Prot强数据库同源证据

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