LXL04_027790 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027790

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 24042086-24043519 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

492 bp · LXL04_027790|LXL04_027790|OH1004|cDNA

ATGGAAGATCAGCGAATCTTCCTGGTGTATGAATTTATGCCTAACGGAAACTTTCAGGATCTCTTGGATAGGGGAAGGGTAAAACAGCTTTCGTTAATTACAAAGGTGAAAATATCAGTAGGAATCGCTCCAGGGATTGTTTACTTGCACAATACAGAATACCGTCATGATGTTTGTAAGTGCCAACTTCACAGAGATAAGATATTGCTGGATGAGGATTTTACGGCAAAGCTCTCAGGTTATGACATTACTCTATTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

492 bp · LXL04_027790|LXL04_027790|OH1004|CDS

ATGGAAGATCAGCGAATCTTCCTGGTGTATGAATTTATGCCTAACGGAAACTTTCAGGATCTCTTGGATAGGGGAAGGGTAAAACAGCTTTCGTTAATTACAAAGGTGAAAATATCAGTAGGAATCGCTCCAGGGATTGTTTACTTGCACAATACAGAATACCGTCATGATGTTTGTAAGTGCCAACTTCACAGAGATAAGATATTGCTGGATGAGGATTTTACGGCAAAGCTCTCAGGTTATGACATTACTCTATTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

163 aa · LXL04_027790|LXL04_027790|OH1004|PROTEIN

MEDQRIFLVYEFMPNGNFQDLLDRGRVKQLSLITKVKISVGIAPGIVYLHNTEYRHDVCKCQLHRDKILLDEDFTAKLSGYDITLLERDLGQLPTDLSGFTMLFAEYPWLVLQIKSCFEICIEVDSKLKMLRILEEYEEYIPACQKLEFTKPPIKYFLSATYS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027790`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027790

位置 Chr06:24042086-24043519 (-)

描述 Similar to SD22: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00340`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At5g10530`	促进过氧化氢H(2)O(2)的生成和细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`At5g49660`	受体激酶参与 C 末端编码的植物信号肽的感知以及根和芽发育的后续调节。	XYLEM INTERMIXED WITH PHLOEM1, a leucine-rich repeat receptor-like kinase required for stem growth and vascular development in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1489-6 CEP5 and XIP1/CEPR1 regulate lateral root initiation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw231
`At1g78530`	类受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g78530。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0511000`	LysM结构域受体样激酶10。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0048437 floral organ development 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0048831 regulation of shoot system development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78530

ath:AT4G00340

ath:AT5G10530

ath:AT5G49660

dosa:Os09g0511000

osa:9270778

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.439

排名 1 · LXL04_027790 · OH-1004

细胞核0.273

排名 2 · LXL04_027790 · OH-1004

细胞膜0.234

排名 3 · LXL04_027790 · OH-1004

内质网0.111

排名 4 · LXL04_027790 · OH-1004

线粒体0.097

排名 5 · LXL04_027790 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr2-81 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027790	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	2	81	6.6e-07	29.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39203`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-2	36.364%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LXA5`	拟南芥	L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.1	33.929%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FGL5`	拟南芥	Receptor protein-tyrosine kinase CEPR1	41.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SYM9`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g78530	39.623%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`D7UPN3`	水稻	LysM domain receptor-like kinase 10	38.144%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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