LXL04_027766 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027766

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 23640884-23644973 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1305 bp · LXL04_027766|LXL04_027766|OH1004|cDNA

ATGGACCCGAGCATCTCCACCGCCGGATCACCACCGCCCAACAAGAGGAGAAATGTCTTTTCTACCACAAAAATTTCTGCCTTCAGTGACGACATTATTTCTGCGGTTTTATCGTTCCTCGATCTCGTCCATCTAATTCGCTGCACCGCCGTCTGCAAGTCATGGAGACAAGTCATTGATAAATCAAAGCTACTCCAAACTTTGTATTACAAACAAAAAGGGATTCCTGGTGGTGATTTTGACAAATCTACCCCTTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · LXL04_027766|LXL04_027766|OH1004|CDS

ATGGACCCGAGCATCTCCACCGCCGGATCACCACCGCCCAACAAGAGGAGAAATGTCTTTTCTACCACAAAAATTTCTGCCTTCAGTGACGACATTATTTCTGCGGTTTTATCGTTCCTCGATCTCGTCCATCTAATTCGCTGCACCGCCGTCTGCAAGTCATGGAGACAAGTCATTGATAAATCAAAGCTACTCCAAACTTTGTATTACAAACAAAAAGGGATTCCTGGTGGTGATTTTGACAAATCTACCCCTTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · LXL04_027766|LXL04_027766|OH1004|PROTEIN

MDPSISTAGSPPPNKRRNVFSTTKISAFSDDIISAVLSFLDLVHLIRCTAVCKSWRQVIDKSKLLQTLYYKQKGIPGGDFDKSTPSEGIWRRLQALAISQHRSSLRTGSIDIYQWKGHSDGIDKCKMKMGLLLTGGSGKVMRLWSVERYKCLAEYDLPHIGSLIDFNFDESKVVGLVGNHICLWRRNERKNIFSSQGGQFPRSSCMCYVDPEAVVGCDDGRARIFDMYGRKWARIIKMHDGPITCLSLSDDHLLIGGSSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027766`
TK1151 ID	TkA07G092920
OH-1004 ID	LXL04_027766
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027766

位置 Chr06:23640884-23644973 (-)

描述 Similar to At3g52030: F-box/WD-40 repeat-containing protein At3g52030

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52030`	含F-box/WD-40重复的蛋白 At3g52030。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0010992 ubiquitin recycling 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52030

rno:100360914

ssl:SS1G_08568

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.869

排名 1 · LXL04_027766 · OH-1004

细胞质0.162

排名 2 · LXL04_027766 · OH-1004

线粒体0.029

排名 3 · LXL04_027766 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 4 · LXL04_027766 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_027766 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box26-65 aa

PF12937.13F-box-like30-69 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st113-352 aa

PF24814.2WD40_Prp19115-340 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5116-287 aa

PF24796.2WDR55130-259 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2131-253 aa

PF23409.2Beta-prop_EML137-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027766	`PF00646.39`	F-box	26	65	7.9e-08	32.6
LXL04_027766	`PF12937.13`	F-box-like	30	69	2.6e-07	31.0
LXL04_027766	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	113	352	6.6e-13	49.3
LXL04_027766	`PF24814.2`	WD40_Prp19	115	340	2.7e-09	37.2
LXL04_027766	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	116	287	1.7e-14	54.5
LXL04_027766	`PF24796.2`	WDR55	130	259	3.7e-12	46.6
LXL04_027766	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	131	253	1.6e-12	48.1
LXL04_027766	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	137	301	1.1e-08	35.7
LXL04_027766	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	143	317	1.4e-08	35.3
LXL04_027766	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	164	430	1.6e-15	57.9
LXL04_027766	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	166	269	5.2e-09	36.5
LXL04_027766	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	179	351	3e-14	53.9
LXL04_027766	`PF13570.14`	Beta-prop_ACSF4	203	365	2.9e-07	30.9
LXL04_027766	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	203	329	3.8e-06	27.0
LXL04_027766	`PF23756.2`	Beta-prop_HPS5	205	327	1e-05	25.7
LXL04_027766	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	214	361	2.5e-13	50.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV01`	拟南芥	F-box/WD-40 repeat-containing protein At3g52030	44.470%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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