LXL04_027622 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027622

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 20507700-20515416 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4965 bp · LXL04_027622|LXL04_027622|OH1004|cDNA

ATGGAAGACGGAGAGGGATCTTCAGAGACGAAGACAAAGACACAGTCTTCAGCTGAGAATGTCAAACCAACAAGAACTGTTATAAAACCAACTGTCTCATCTTCTTTGAAGGTCTCTGGTTCTACTACTGCAACTACACGAAAAAGGATAGAGCCTAAAAGTGTTTCCAAATCTGCCCCTGCCATTAGAAGGAACAGCACCGGGAGTGTACCTGAAAAACAGCAGCAACTTCCAGTTAAGAAACAGATCGGCAgtagtgg...

CDS

下载 CDS FASTA

4965 bp · LXL04_027622|LXL04_027622|OH1004|CDS

ATGGAAGACGGAGAGGGATCTTCAGAGACGAAGACAAAGACACAGTCTTCAGCTGAGAATGTCAAACCAACAAGAACTGTTATAAAACCAACTGTCTCATCTTCTTTGAAGGTCTCTGGTTCTACTACTGCAACTACACGAAAAAGGATAGAGCCTAAAAGTGTTTCCAAATCTGCCCCTGCCATTAGAAGGAACAGCACCGGGAGTGTACCTGAAAAACAGCAGCAACTTCCAGTTAAGAAACAGATCGGCAGTAGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1654 aa · LXL04_027622|LXL04_027622|OH1004|PROTEIN

MEDGEGSSETKTKTQSSAENVKPTRTVIKPTVSSSLKVSGSTTATTRKRIEPKSVSKSAPAIRRNSTGSVPEKQQQLPVKKQIGSSGGGGGLTVGRKTSSSTTEPMRRSLPEIRKSSLPSSTVVRASKGQSSPSLSSSSRNLSTSIDSTASSTTRKSTSKLSSLARSSAVSSGSKSGSLSSSREKMSTASSQRKAATPEFRVSRLIMLPQVETKANDDVRLDLRGHRIRSLNAGLKLSPSLEFVYLRDNLLSSLEGIEIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027622`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027622

位置 Chr06:20507700-20515416 (+)

描述 Similar to AIR9: 187-kDa microtubule-associated protein AIR9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g34680`	可能参与细胞板成熟和有丝分裂后横隔正确插入的微管相关蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027622 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0023052 signaling 生物过程

GO:0045842 positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:1901970 positive regulation of mitotic sister chromatid separation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34680

lmo:lmo0263

mmu:66385

spo:2543597

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.701

排名 1 · LXL04_027622 · OH-1004

细胞核0.274

排名 2 · LXL04_027622 · OH-1004

细胞膜0.120

排名 3 · LXL04_027622 · OH-1004

线粒体0.061

排名 4 · LXL04_027622 · OH-1004

内质网0.051

排名 5 · LXL04_027622 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14580.13LRR_9214-319 aa

PF13855.13LRR_8262-319 aa

PF12799.14LRR_4285-323 aa

PF23197.2IG_AIR9476-526 aa

PF23197.2IG_AIR9543-629 aa

PF23197.2IG_AIR9639-725 aa

PF23197.2IG_AIR9734-826 aa

PF23197.2IG_AIR9837-923 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027622	`PF14580.13`	LRR_9	214	319	1.5e-07	31.9
LXL04_027622	`PF13855.13`	LRR_8	262	319	8.5e-10	39.0
LXL04_027622	`PF12799.14`	LRR_4	285	323	8.6e-21	74.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	476	526	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	543	629	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	639	725	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	734	826	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	837	923	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	937	1015	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	1031	1113	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	1128	1218	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	1241	1309	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23197.2`	IG_AIR9	1430	1515	3.9e-215	697.2
LXL04_027622	`PF23218.2`	PH_AIR9	1545	1641	3e-52	175.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IIU4`	拟南芥	187-kDa microtubule-associated protein AIR9	63.049%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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