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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027616
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 20379242-20386254 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4950 bp · LXL04_027616|LXL04_027616|OH1004|cDNA

ATGAATGTAAGTGGTGGGTTCAATTCAATCAGTCAACTTGAACTATTGGAGGAGTTGAAAGATTCAAAGGGTATGAAGATACCTTGTTGCACGGTTTGTCAGACAAGGTACAACGAAGAAGATAGGTGTCCGTTGTTACTCGAGTGCGGCCATGGATTCTGTAAAGAGTGTCTCTCTCGTATGTTTTCATCAGCGTCATCAGACACTACTCTTTCCTGTCCACGATGTCGCCAAGTCTCCGTTGTCGGTAACTCCGTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

4950 bp · LXL04_027616|LXL04_027616|OH1004|CDS

ATGAATGTAAGTGGTGGGTTCAATTCAATCAGTCAACTTGAACTATTGGAGGAGTTGAAAGATTCAAAGGGTATGAAGATACCTTGTTGCACGGTTTGTCAGACAAGGTACAACGAAGAAGATAGGTGTCCGTTGTTACTCGAGTGCGGCCATGGATTCTGTAAAGAGTGTCTCTCTCGTATGTTTTCATCAGCGTCATCAGACACTACTCTTTCCTGTCCACGATGTCGCCAAGTCTCCGTTGTCGGTAACTCCGTCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1649 aa · LXL04_027616|LXL04_027616|OH1004|PROTEIN

MNVSGGFNSISQLELLEELKDSKGMKIPCCTVCQTRYNEEDRCPLLLECGHGFCKECLSRMFSSASSDTTLSCPRCRQVSVVGNSVHALRKNYAILGLISSASNSDFTDEDEDDEDDGLVVVVDRDRRSCGSNASSSNGLIELGSHQDLRMVRRIGEEPGRKGSGVEMWSAVLSGKSGRCRHRVAVKKLVVIGEDTDLVWVQNQLDDLRLKSMWCRNVCKFHGATKVDDCLALIMDKCNGSVETEMQRNEGRLTLEQILR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027616
TK1151 IDTkA07G078960
OH-1004 IDLXL04_027616
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.545
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027616
位置Chr06:20379242-20386254 (+)
描述Similar to KEG: E3 ubiquitin-protein ligase KEG
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g13530 介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。
Powdery mildew resistance conferred by loss of the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein kinase is suppressed by a missense mutation in KEEP ON GOING, a regulator of abscisic acid signaling.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.127605
At4g32250 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过磷酸化TOC159、TOC120和TOC132的A结构域等输入受体部位，调控质体蛋白输入系统。
The novel chloroplast outer membrane kinase KOC1 is a required component of the plastid protein import machinery.2017 · DOI: 10.1074/jbc.m117.776468

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027616 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009704 de-etiolation 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010564 regulation of cell cycle process 生物过程
GO:0016197 endosomal transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0032940 secretion by cell 生物过程
GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程
GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程
GO:0048589 developmental growth 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G32250
ath:AT5G13530
mmu:244859
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.474
排名 1 · LXL04_027616 · OH-1004
细胞核0.397
排名 2 · LXL04_027616 · OH-1004
细胞膜0.214
排名 3 · LXL04_027616 · OH-1004
内质网0.057
排名 4 · LXL04_027616 · OH-1004
高尔基体0.046
排名 5 · LXL04_027616 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_229-77 aa
PF13445.13zf-RING_UBOX30-74 aa
PF00097.32zf-C3HC430-76 aa
PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr167-438 aa
PF00069.32Pkinase171-438 aa
PF12796.14Ank_2506-588 aa
PF13637.13Ank_4506-544 aa
PF13857.13Ank_5521-553 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027616PF13639.13zf-RING_229771.7e-0628.9
LXL04_027616PF13445.13zf-RING_UBOX30741.4e-0628.9
LXL04_027616PF00097.32zf-C3HC430769.5e-0626.1
LXL04_027616PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1674381e-2384.7
LXL04_027616PF00069.32Pkinase1714383.3e-2486.4
LXL04_027616PF12796.14Ank_25065881.6e-43147.9
LXL04_027616PF13637.13Ank_45065447.7e-34115.7
LXL04_027616PF13857.13Ank_55215535.4e-2897.5
LXL04_027616PF00023.37Ank5265596.5e-39130.5
LXL04_027616PF13606.13Ank_35265557.9e-2378.5
LXL04_027616PF13857.13Ank_55806365.4e-2897.5
LXL04_027616PF12796.14Ank_26016811.6e-43147.9
LXL04_027616PF13637.13Ank_46016457.7e-34115.7
LXL04_027616PF12796.14Ank_27198051.6e-43147.9
LXL04_027616PF13637.13Ank_47227597.7e-34115.7
LXL04_027616PF13857.13Ank_57287825.4e-2897.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FY48拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase KEG72.308%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8RWX4拟南芥Protein KINASE OF THE OUTER CHLOROPLAST MEMBRANE 135.206%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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