LXL04_027601 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027601

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 19929149-19940664 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5994 bp · LXL04_027601|LXL04_027601|OH1004|cDNA

ATGTCGGAAGAGGAGAATTTGTTAAAAGCGGCTAAGAAGTTGCCATGGGAGGATCGGTTGGCACACAAGAACTGGAAGGTGCGTAACGATGCCAACATTGACCTCGCCGCCCTGTGCGACTCTATCACCGATCCTAAAGATCCTCGCATCCGTGAATTGGGGCACTTTTTTAAGAAGACTGTTGCTGATTCGAATGCGCCTGTACAAGATAAGGCGCTGGATGCTTTAATTGCTTACTTAAAAGCAGCAGATGCTGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

5994 bp · LXL04_027601|LXL04_027601|OH1004|CDS

ATGTCGGAAGAGGAGAATTTGTTAAAAGCGGCTAAGAAGTTGCCATGGGAGGATCGGTTGGCACACAAGAACTGGAAGGTGCGTAACGATGCCAACATTGACCTCGCCGCCCTGTGCGACTCTATCACCGATCCTAAAGATCCTCGCATCCGTGAATTGGGGCACTTTTTTAAGAAGACTGTTGCTGATTCGAATGCGCCTGTACAAGATAAGGCGCTGGATGCTTTAATTGCTTACTTAAAAGCAGCAGATGCTGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1997 aa · LXL04_027601|LXL04_027601|OH1004|PROTEIN

MSEEENLLKAAKKLPWEDRLAHKNWKVRNDANIDLAALCDSITDPKDPRIRELGHFFKKTVADSNAPVQDKALDALIAYLKAADADAGRFGKEVCDAIVAKCLTGRPKTVEKAQIVFMLWVELEAVDAFLDAMDKAIKAKVAKAVVPAIDVMFQALSEFGSKIVPPKRLLKMLPELFDHQDQNVRASSKGLTLELCRWIGRDAVKSILFEKMRDTMKKELEAEIVNVTASAKPTRKIRSEQDKEPEAEVATEAAGSGPSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027601`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027601

位置 Chr06:19929149-19940664 (-)

描述 Similar to MOR1: Protein MOR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35630`	微管结合蛋白，对于皮质微管的组织和功能至关重要。	MOR1 is essential for organizing cortical microtubules in plants.2001 · DOI: 10.1038/35079128 Mutation or drug-dependent microtubule disruption causes radial swelling without altering parallel cellulose microfibril deposition in Arabidopsis root cells.2003 · DOI: 10.1105/tpc.011593 Genetic analysis of adventitious root formation with a novel series of temperature-sensitive mutants of Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1242/dev.00794 Cellulose microfibril alignment recovers from DCB-induced disruption despite microtubule disorganization.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01906.x Aberrant cell plate formation in the Arabidopsis thaliana microtubule organization 1 mutant.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci068 MICROTUBULE ORGANIZATION 1 regulates structure and function of microtubule arrays during mitosis and cytokinesis in the Arabidopsis root.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.069989 Hypersensitivity to cytoskeletal antagonists demonstrates microtubule-microfilament cross-talk in the control of root elongation in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2006.01671.x MOR1, the Arabidopsis thaliana homologue of Xenopus MAP215, promotes rapid growth and shrinkage, and suppresses the pausing of microtubules in vivo.2008 · DOI: 10.1242/jcs.039065

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0816400`	微管相关蛋白，对皮质微管的组织和功能至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027601 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0007019 microtubule depolymerization 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010609 mRNA localization resulting in post-transcriptional regulation of gene expression 生物过程

GO:0022618 protein-RNA complex assembly 生物过程

GO:0030951 establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity 生物过程

GO:0045807 positive regulation of endocytosis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G35630

dosa:Os01g0816400

hsa:9793

mmu:75786

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.710

排名 1 · LXL04_027601 · OH-1004

细胞核0.179

排名 2 · LXL04_027601 · OH-1004

细胞膜0.174

排名 3 · LXL04_027601 · OH-1004

高尔基体0.138

排名 4 · LXL04_027601 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_027601 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21041.4XMAP215_CLASP_TOG12-223 aa

PF21041.4XMAP215_CLASP_TOG298-493 aa

PF12348.15CLASP_N298-488 aa

PF02985.29HEAT442-469 aa

PF21041.4XMAP215_CLASP_TOG597-795 aa

PF21041.4XMAP215_CLASP_TOG850-1038 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027601	`PF21041.4`	XMAP215_CLASP_TOG	12	223	5.6e-91	305.1
LXL04_027601	`PF21041.4`	XMAP215_CLASP_TOG	298	493	5.6e-91	305.1
LXL04_027601	`PF12348.15`	CLASP_N	298	488	4.1e-12	46.9
LXL04_027601	`PF02985.29`	HEAT	442	469	1.1e-13	50.8
LXL04_027601	`PF21041.4`	XMAP215_CLASP_TOG	597	795	5.6e-91	305.1
LXL04_027601	`PF21041.4`	XMAP215_CLASP_TOG	850	1038	5.6e-91	305.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94FN2`	拟南芥	Protein MOR1	72.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N749`	水稻	Protein MOR1	69.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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