LXL04_027523 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027523

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 18154277-18160170 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2496 bp · LXL04_027523|LXL04_027523|OH1004|cDNA

ATGTCGCAACCCAACATCAGTACCTCCAACAACAACCGTAAGCGTTCATCTAACACCTGTACATCTCCACCACCacccaccaccaccacaaccGGCGGCGACAGCGGCGGCGTAGGAGCTCACTTCTTGGCGATGAAGAAGGCCAAATCACAGGCCGTATCTTGCTCTTTGGACAACAAAAACGGCTTCCAGCAACATCAATTTGATAATAATTCATCTGCCGAACCTTCTTCCATGATCGAAGATCCCACTGAAAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2496 bp · LXL04_027523|LXL04_027523|OH1004|CDS

ATGTCGCAACCCAACATCAGTACCTCCAACAACAACCGTAAGCGTTCATCTAACACCTGTACATCTCCACCACCACCCACCACCACCACAACCGGCGGCGACAGCGGCGGCGTAGGAGCTCACTTCTTGGCGATGAAGAAGGCCAAATCACAGGCCGTATCTTGCTCTTTGGACAACAAAAACGGCTTCCAGCAACATCAATTTGATAATAATTCATCTGCCGAACCTTCTTCCATGATCGAAGATCCCACTGAAAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

831 aa · LXL04_027523|LXL04_027523|OH1004|PROTEIN

MSQPNISTSNNNRKRSSNTCTSPPPPTTTTTGGDSGGVGAHFLAMKKAKSQAVSCSLDNKNGFQQHQFDNNSSAEPSSMIEDPTENDAGRASSAGGFTANLARKKATPPQPAKKFVIKLLKAKPTLPTNFEENTWAVLKSAISAIFLKQPDPCDLEKLYQAVNDLCLHKMGGSLYQRIEKECESHISTALQSLVGKSEDLVVFLSLVQNTWQDFCDQMLMIRGIALYLDRTYVKQTPSVRSLWDMGLQLFRKHLSLASEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027523`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027523

位置 Chr06:18154277-18160170 (-)

描述 Similar to CUL4: Cullin-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46210`	CUL4-RBX1-CDD（COP10-DDB1a-DET1）型E3泛素蛋白连接酶复合物的组分，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	CUL4 associates with DDB1 and DET1 and its downregulation affects diverse aspects of development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02810.x Arabidopsis CULLIN4 Forms an E3 Ubiquitin Ligase with RBX1 and the CDD Complex in Mediating Light Control of Development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.043224 Characterization of Arabidopsis and rice DWD proteins and their roles as substrate receptors for CUL4-RING E3 ubiquitin ligases.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055418 Arabidopsis DDB1-CUL4 ASSOCIATED FACTOR1 forms a nuclear E3 ubiquitin ligase with DDB1 and CUL4 that is involved in multiple plant developmental processes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058891 Arabidopsis CULLIN4-damaged DNA binding protein 1 interacts with CONSTITUTIVELY PHOTOMORPHOGENIC1-SUPPRESSOR OF PHYA complexes to regulate photomorphogenesis and flowering time.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.065490 DWA1 and DWA2, two Arabidopsis DWD protein components of CUL4-based E3 ligases, act together as negative regulators in ABA signal transduction.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073783

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027523 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G46210

hsa:8450

hsa:8451

mmu:72584

mmu:99375

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.572

排名 1 · LXL04_027523 · OH-1004

细胞质0.429

排名 2 · LXL04_027523 · OH-1004

高尔基体0.084

排名 3 · LXL04_027523 · OH-1004

溶酶体／液泡0.057

排名 4 · LXL04_027523 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 5 · LXL04_027523 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00888.30Cullin135-576 aa

PF26557.1Cullin_AB599-732 aa

PF10557.16Cullin_Nedd8763-823 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027523	`PF00888.30`	Cullin	135	576	4.6e-155	518.1
LXL04_027523	`PF26557.1`	Cullin_AB	599	732	2.6e-48	164.3
LXL04_027523	`PF10557.16`	Cullin_Nedd8	763	823	1.5e-23	83.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LGH4`	拟南芥	Cullin-4	83.267%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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