LXL04_027190 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027190

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 10737526-10740119 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1272 bp · LXL04_027190|LXL04_027190|OH1004|cDNA

ATGGGGCAGCAGGAGCAAGAAAGCGCTGAACTTGAAGCCGGAGAAGTCATGGAAGAACAACCAACGACTGAGGACCAATCTGACTATGCCTCTTGGCCTCCGGCGATGCGCTTCGATGTTCCTCCTTACAAAACCTACCATTTTTCCAGACATTTTAGAGCCTCGTCTAACCCTAATAACTTCCTCAAGGGCGTTAAATGGTCTCCGGATGGTTCCTGCTTTCTCACGAGCTCTGATGACAATACTCTTAGTTTATTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · LXL04_027190|LXL04_027190|OH1004|CDS

ATGGGGCAGCAGGAGCAAGAAAGCGCTGAACTTGAAGCCGGAGAAGTCATGGAAGAACAACCAACGACTGAGGACCAATCTGACTATGCCTCTTGGCCTCCGGCGATGCGCTTCGATGTTCCTCCTTACAAAACCTACCATTTTTCCAGACATTTTAGAGCCTCGTCTAACCCTAATAACTTCCTCAAGGGCGTTAAATGGTCTCCGGATGGTTCCTGCTTTCTCACGAGCTCTGATGACAATACTCTTAGTTTATTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

423 aa · LXL04_027190|LXL04_027190|OH1004|PROTEIN

MGQQEQESAELEAGEVMEEQPTTEDQSDYASWPPAMRFDVPPYKTYHFSRHFRASSNPNNFLKGVKWSPDGSCFLTSSDDNTLSLFTLPDHENATDEKNCSSSATEDSFPASLALTEGEAIYDYCWYPYMSSSDPVSCVFATTTRDHPIHLWDTTTGQLRCTYRAYDNMDEITAAFSIGFNPTGTKIFAGYNKSIRIFDIHRPGRDFQQHSTIQGNKEGQSGIISSIAFSPSHTGMLATGSYSQTTAIHREDNMELLYVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027190`
TK1151 ID	TkA07G039510
OH-1004 ID	LXL04_027190
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_027190`
位置	Chr06:10737526-10740119 (-)
描述	Similar to Wrap53: Telomerase Cajal body protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027190` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0030576 Cajal body organization 生物过程 GO:0032203 telomere formation via telomerase 生物过程 GO:0032212 positive regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0034337 RNA folding 生物过程 GO:0045739 positive regulation of DNA repair 生物过程 GO:0090666 scaRNA localization to Cajal body 生物过程 GO:0090671 telomerase RNA localization to Cajal body 生物过程 GO:1904851 positive regulation of establishment of protein localization to telomere 生物过程 GO:1904867 protein localization to Cajal body 生物过程 GO:1905168 positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:509631 hsa:55135 maua:101834343 mmu:216853 rno:287432 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.638

排名 1 · LXL04_027190 · OH-1004

细胞质0.503

排名 2 · LXL04_027190 · OH-1004

溶酶体／液泡0.046

排名 3 · LXL04_027190 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 4 · LXL04_027190 · OH-1004

线粒体0.032

排名 5 · LXL04_027190 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC363-368 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2135-299 aa

PF24805.2EIF3I136-295 aa

PF23409.2Beta-prop_EML142-295 aa

PF25391.2WD40_Gbeta142-297 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st144-301 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz148-298 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st177-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027190	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	63	368	1.1e-26	94.2
LXL04_027190	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	135	299	4.3e-19	69.6
LXL04_027190	`PF24805.2`	EIF3I	136	295	2.7e-09	37.3
LXL04_027190	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	142	295	1.5e-09	38.5
LXL04_027190	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	142	297	2.3e-08	34.1
LXL04_027190	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	144	301	3.6e-14	53.4
LXL04_027190	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	148	298	2.9e-21	76.8
LXL04_027190	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	177	282	6.2e-22	78.9
LXL04_027190	`PF24814.2`	WD40_Prp19	209	363	4.4e-21	75.9
LXL04_027190	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	216	358	1.6e-10	41.4
LXL04_027190	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	218	370	1.6e-20	74.3
LXL04_027190	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	219	404	6.2e-28	98.6
LXL04_027190	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	220	367	2.9e-21	76.8
LXL04_027190	`PF24796.2`	WDR55	223	371	1e-11	45.2
LXL04_027190	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	224	304	6.2e-22	78.9
LXL04_027190	`PF00400.39`	WD40	255	293	1.3e-22	80.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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