LXL04_027164 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027164

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 9923108-9924246 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_027164|LXL04_027164|OH1004|cDNA

ATGGCAACAACAACAAACGCCACCACCACCCACTATCCAGACGACTTCAAATGCCCGATTTCTCTCGAGATAATGTCGGAGCCAGTCATCCTTTCTTCCGGCCACACCTTTGACCGCTCTTCAATCCAACGTTGGCTTGACGCAGGCCACCGTACTTGCCCCATCAGCAAATTGCCCCTCTCCGACCCTCCTTCTCTTATCCCTAACCACGCCCTTCGCAGCCTTATCACCAGCTACACCGCCCTCAATTTATCAAAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_027164|LXL04_027164|OH1004|CDS

ATGGCAACAACAACAAACGCCACCACCACCCACTATCCAGACGACTTCAAATGCCCGATTTCTCTCGAGATAATGTCGGAGCCAGTCATCCTTTCTTCCGGCCACACCTTTGACCGCTCTTCAATCCAACGTTGGCTTGACGCAGGCCACCGTACTTGCCCCATCAGCAAATTGCCCCTCTCCGACCCTCCTTCTCTTATCCCTAACCACGCCCTTCGCAGCCTTATCACCAGCTACACCGCCCTCAATTTATCAAAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_027164|LXL04_027164|OH1004|PROTEIN

MATTTNATTTHYPDDFKCPISLEIMSEPVILSSGHTFDRSSIQRWLDAGHRTCPISKLPLSDPPSLIPNHALRSLITSYTALNLSKPHQNRGNSETLISNLTSKSSSPEAKLFSIEQLCQLSKHDFELRKRLTESGAVAAVLGCISRKNYITLQEKALKLLLNLSLDDDNKVGLVAEGAICSIIAALSDGESADCRATAATVLTSLAVVEVNKATIGAYPFAIRGLVTLLKEGGGRERKEAATALYALCSFPDNRRRAVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027164`
TK1151 ID	TkA07G036270
OH-1004 ID	LXL04_027164
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.067 / OH-1004 98.310 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027164

位置 Chr06:9923108-9924246 (-)

描述 Similar to PUB8: U-box domain-containing protein 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21350`	作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。	A cryptic modifier causing transient self-incompatibility in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.03.022
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g28830`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027164 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28830

ath:AT3G46510

ath:AT4G21350

dosa:Os06g0102700

mtr:11430446

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.662

排名 1 · LXL04_027164 · OH-1004

细胞质0.422

排名 2 · LXL04_027164 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_027164 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_027164 · OH-1004

线粒体0.020

排名 5 · LXL04_027164 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564.22U-box13-81 aa

PF11789.15zf-Nse15-55 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX18-54 aa

PF24768.2ARM_ARMC590-272 aa

PF25598.2ARM_PUB98-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027164	`PF04564.22`	U-box	13	81	6.5e-19	68.6
LXL04_027164	`PF11789.15`	zf-Nse	15	55	3.9e-07	30.5
LXL04_027164	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	18	54	6.6e-08	33.1
LXL04_027164	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	90	272	1.5e-07	31.8
LXL04_027164	`PF25598.2`	ARM_PUB	98	348	2.3e-16	60.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81902`	拟南芥	U-box domain-containing protein 8	60.350%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	34.188%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZV31`	拟南芥	U-box domain-containing protein 12	33.884%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	35.440%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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