LXL04_027078 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027078

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 8403977-8409333 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3291 bp · LXL04_027078|LXL04_027078|OH1004|cDNA

ATGTCATCATCATTTGCATCCCAATCATCACCTCGGTTACAACcacaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagagatcGTACTTTCAAATGCAAGAGCCCATAAACAAAGAGCCCAGTTCATCTCCGAAGAAGTCCGTCCTCTCCCCTCAAACTCCCCCGGGTTTCAAACCTTCAAGTGTTCAACTGCCGCCGGAAAATTCATCAGTGACCACTCAGCGATGGAGTTCGAAAAGAGAAAGAAAGCCACCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3291 bp · LXL04_027078|LXL04_027078|OH1004|CDS

ATGTCATCATCATTTGCATCCCAATCATCACCTCGGTTACAACCACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATCGTACTTTCAAATGCAAGAGCCCATAAACAAAGAGCCCAGTTCATCTCCGAAGAAGTCCGTCCTCTCCCCTCAAACTCCCCCGGGTTTCAAACCTTCAAGTGTTCAACTGCCGCCGGAAAATTCATCAGTGACCACTCAGCGATGGAGTTCGAAAAGAGAAAGAAAGCCACCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1096 aa · LXL04_027078|LXL04_027078|OH1004|PROTEIN

MSSSFASQSSPRLQPQEEEEEEEEEEEEIVLSNARAHKQRAQFISEEVRPLPSNSPGFQTFKCSTAAGKFISDHSAMEFEKRKKATLTTMSSPEPDKSPKGDIDIPIVPLLKTLNSHPSYFTTSSCSGRISILSTPTAATTTTVKKKAKGGNWVFITHEPADANSVQNLIFPPNPTADSIQSDNQGNLVFRFEPLIIAVECKDVLSAQKLVSLAISCGFRESGITNVNNKRVIVAIRCSIRLEVPLGDTNNIMVSKEYLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027078`
TK1151 ID	TkA07G030530
OH-1004 ID	LXL04_027078
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.442 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027078

位置 Chr06:8403977-8409333 (-)

描述 Similar to At4g04670: tRNA wybutosine-synthesizing protein 2/3/4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g04670`	依赖 S-腺苷-L-蛋氨酸的转移酶，作为韦布托辛（wybutosine）生物合成途径的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0515000`	依赖 S-腺苷-L-蛋氨酸的转移酶，作为韦布托辛（wybutosine）生物合成途径的组成部分。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027078 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030488 tRNA methylation 生物过程

GO:0031591 wybutosine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008175 tRNA methyltransferase activity 分子功能

GO:0102522 tRNA 4-demethylwyosine alpha-amino-alpha-carboxypropyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G04670

bta:516516

dosa:Os07g0515000

dre:564925

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.528

排名 1 · LXL04_027078 · OH-1004

细胞核0.389

排名 2 · LXL04_027078 · OH-1004

过氧化物酶体0.084

排名 3 · LXL04_027078 · OH-1004

线粒体0.081

排名 4 · LXL04_027078 · OH-1004

质体0.069

排名 5 · LXL04_027078 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02676.20TYW381-284 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7366-489 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42366-544 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1383-481 aa

PF25210.2Kelch_FKB95404-515 aa

PF13418.13Beta-prop_TYW4418-652 aa

PF01344.32Kelch_1420-462 aa

PF24996.1NANM425-541 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027078	`PF02676.20`	TYW3	81	284	7e-67	225.6
LXL04_027078	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	366	489	1.4e-57	195.3
LXL04_027078	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	366	544	2.5e-43	148.8
LXL04_027078	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	383	481	9.1e-35	121.0
LXL04_027078	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	404	515	5.3e-17	63.0
LXL04_027078	`PF13418.13`	Beta-prop_TYW4	418	652	6.9e-24	85.8
LXL04_027078	`PF01344.32`	Kelch_1	420	462	3.2e-27	94.4
LXL04_027078	`PF24996.1`	NANM	425	541	1e-09	38.5
LXL04_027078	`PF25852.1`	DUF6242_C	431	542	1.8e-06	28.5
LXL04_027078	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	434	560	4.7e-08	33.1
LXL04_027078	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	447	515	9.1e-35	121.0
LXL04_027078	`PF01344.32`	Kelch_1	473	512	3.2e-27	94.4
LXL04_027078	`PF07646.22`	Kelch_2	473	514	5.3e-21	74.1
LXL04_027078	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	475	645	1.4e-57	195.3
LXL04_027078	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	484	642	9.1e-35	121.0
LXL04_027078	`PF24996.1`	NANM	495	591	1e-09	38.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4K1`	拟南芥	tRNA wybutosine-synthesizing protein 2/3/4	55.707%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H4D4`	水稻	tRNA wybutosine-synthesizing protein 2/3/4	49.717%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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