LXL04_027071 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027071

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 8173864-8174811 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

417 bp · LXL04_027071|LXL04_027071|OH1004|cDNA

ATGTTTTTCAATTGTTTGAAATCTGCAGAAAGAAATCAGAGTGCAGACATGGCTAAATGCTCCTTCAAGCTCGAACACACCTTGGAGAAGAGGAAAAGTGAATCATCTCGCATCAGAGAGAAGTATCCCGATAGAGTACCAGTGATTGTTGAAAAAGCTGAAAAATCCGACATTCCTGACATAGACAAAAAGAAGTATCTAGTGCCAGCTGATTTGACAATTGGTCAATTTGTGTATGTGGTTCGAAAGAGGATTAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

417 bp · LXL04_027071|LXL04_027071|OH1004|CDS

ATGTTTTTCAATTGTTTGAAATCTGCAGAAAGAAATCAGAGTGCAGACATGGCTAAATGCTCCTTCAAGCTCGAACACACCTTGGAGAAGAGGAAAAGTGAATCATCTCGCATCAGAGAGAAGTATCCCGATAGAGTACCAGTGATTGTTGAAAAAGCTGAAAAATCCGACATTCCTGACATAGACAAAAAGAAGTATCTAGTGCCAGCTGATTTGACAATTGGTCAATTTGTGTATGTGGTTCGAAAGAGGATTAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

138 aa · LXL04_027071|LXL04_027071|OH1004|PROTEIN

MFFNCLKSAERNQSADMAKCSFKLEHTLEKRKSESSRIREKYPDRVPVIVEKAEKSDIPDIDKKKYLVPADLTIGQFVYVVRKRIKLSSEKAIFVFVKNMLPPTAALMSAVYEENKDEDGFLYMNYSGENTFGSFEME

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027071`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027071

位置 Chr06:8173864-8174811 (-)

描述 Similar to ATG8CL: Autophagy-related protein 8C-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0191600`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YS06`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献
`Os04g0624000`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XXR7`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027071 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0031410 cytoplasmic vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os04g0624000

dosa:Os08g0191600

osa:4337052

sot:102578628

sot:102593150

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · LXL04_027071 · OH-1004

细胞核0.207

排名 2 · LXL04_027071 · OH-1004

溶酶体／液泡0.192

排名 3 · LXL04_027071 · OH-1004

高尔基体0.128

排名 4 · LXL04_027071 · OH-1004

细胞膜0.097

排名 5 · LXL04_027071 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02991.23ATG830-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027071	`PF02991.23`	ATG8	30	133	1.1e-50	170.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6Z1D5`	水稻	Autophagy-related protein 8C	85.714%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2YS06`	水稻	Autophagy-related protein 8C	85.714%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XPR1`	水稻	Autophagy-related protein 8B	86.325%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2XXR7`	水稻	Autophagy-related protein 8B	86.325%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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