LXL04_027065 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027065

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 8141883-8144458 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1734 bp · LXL04_027065|LXL04_027065|OH1004|cDNA

ATGAAACTACCATTGTATCCTATGGGTGTAAGCTATCTCTCAATATCAGCAGCCTGTACAGTATTGAGCTTTATAGCCCTCCAATACTGTACAGATATTTCCTATGTAAAAATAATGCAAGATGGTTTCATGGGTGAAAATCTTCTCGACCCTGGTGTTGCCAACCGTGTACTCCATCTGTTGATCAGTTCCTACACCACAATTGCATTTGTTGCCAGTTTTGCCCTCAACATTTTTATGCTCATCCTCCTCTCTCTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1734 bp · LXL04_027065|LXL04_027065|OH1004|CDS

ATGAAACTACCATTGTATCCTATGGGTGTAAGCTATCTCTCAATATCAGCAGCCTGTACAGTATTGAGCTTTATAGCCCTCCAATACTGTACAGATATTTCCTATGTAAAAATAATGCAAGATGGTTTCATGGGTGAAAATCTTCTCGACCCTGGTGTTGCCAACCGTGTACTCCATCTGTTGATCAGTTCCTACACCACAATTGCATTTGTTGCCAGTTTTGCCCTCAACATTTTTATGCTCATCCTCCTCTCTCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

577 aa · LXL04_027065|LXL04_027065|OH1004|PROTEIN

MKLPLYPMGVSYLSISAACTVLSFIALQYCTDISYVKIMQDGFMGENLLDPGVANRVLHLLISSYTTIAFVASFALNIFMLILLSLKTIFFVEIHSTESHKLVERLVNYVIYKGTFLPLVVPPTLVRAGLWSTWLTVLCSLKMFQALARDRLERLNASPSATPWAYFRVYSALLLVFIVDAVWIRVCVAIYQTLPSSMFLLLFFEPLSIAFETLQAILVHGFQLVDIWVHNSVGNTTNSKISKLLDMSAAGSLWEWKSVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027065`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027065

位置 Chr06:8141883-8144458 (+)

描述 Similar to RIN2: E3 ubiquitin protein ligase RIN2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25230`	E3 泛素蛋白连接酶，作为 RPM1 和 RPS2 依赖的超敏反应（HR）的正调控因子，与 RIN3 相关联。	A duplicated pair of Arabidopsis RING-finger E3 ligases contribute to the RPM1- and RPS2-mediated hypersensitive response.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02525.x
`At5g51450`	E3泛素蛋白连接酶，作为RPM1和RPS2依赖的超敏反应（HR）正调控因子，与RIN2相关联。	A duplicated pair of Arabidopsis RING-finger E3 ligases contribute to the RPM1- and RPS2-mediated hypersensitive response.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02525.x
`At3g16090`	可能是HRD1泛素连接酶复合体的组成部分，介导错误折叠的内质网（ER）蛋白的快速降解，这一过程称为内质网相关降解（ERAD）。	暂无已核实直接文献
`At1g65040`	可能是HRD1泛素连接酶复合体的组成部分，介导错误折叠的内质网（ER）蛋白的快速降解，这一过程称为内质网相关降解（ERAD）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0301000`	可能是HRD1泛素连接酶复合体的组成部分，介导错误折叠的内质网（ER）蛋白的快速降解，这一过程称为内质网相关降解（ERAD）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027065 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034052 positive regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:1904276 regulation of wax biosynthetic process 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65040

ath:AT3G16090

ath:AT4G25230

ath:AT5G51450

dosa:Os06g0301000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.526

排名 1 · LXL04_027065 · OH-1004

高尔基体0.273

排名 2 · LXL04_027065 · OH-1004

细胞核0.147

排名 3 · LXL04_027065 · OH-1004

细胞质0.115

排名 4 · LXL04_027065 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 5 · LXL04_027065 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25563.1TPR_SYVN1_N61-310 aa

PF12678.14zf-rbx1340-387 aa

PF13639.13zf-RING_2343-387 aa

PF00097.32zf-C3HC4345-386 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX345-384 aa

PF02845.23CUE541-577 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027065	`PF25563.1`	TPR_SYVN1_N	61	310	4.5e-17	63.1
LXL04_027065	`PF12678.14`	zf-rbx1	340	387	1.1e-07	32.7
LXL04_027065	`PF13639.13`	zf-RING_2	343	387	3.1e-09	37.7
LXL04_027065	`PF00097.32`	zf-C3HC4	345	386	1.5e-07	31.9
LXL04_027065	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	345	384	1.1e-06	29.3
LXL04_027065	`PF02845.23`	CUE	541	577	9.2e-10	38.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYC8`	拟南芥	E3 ubiquitin protein ligase RIN2	56.973%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W4Q5`	拟南芥	E3 ubiquitin protein ligase RIN3	56.706%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LW77`	拟南芥	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1A	27.247%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NPT7`	拟南芥	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1B	25.989%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5Z880`	水稻	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1	25.552%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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