LXL04_027062 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027062

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 8063330-8073566 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4464 bp · LXL04_027062|LXL04_027062|OH1004|cDNA

ATGGGGGACGTAGTACAATACAAGCTCGAACGCATGGTCCCTGAGCTCGACGACCTTGAGCGCCGTGGATTGTTTACTCGCCGTGAGATTGCCGAAATCGTCAAACAACGCCGGAAGTTCGAATTCAGACTCGTACGTCCAAGTCCTTTGAAACCGGATTACTTAGCGTACATCGACTACGAGAAATCTGTGGATGCACTCCGTCTCCTCCGTAAGAAAGCTATGTTGCGTAAGCTCAGTAAGGAGAGTGAAGACGGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4464 bp · LXL04_027062|LXL04_027062|OH1004|CDS

ATGGGGGACGTAGTACAATACAAGCTCGAACGCATGGTCCCTGAGCTCGACGACCTTGAGCGCCGTGGATTGTTTACTCGCCGTGAGATTGCCGAAATCGTCAAACAACGCCGGAAGTTCGAATTCAGACTCGTACGTCCAAGTCCTTTGAAACCGGATTACTTAGCGTACATCGACTACGAGAAATCTGTGGATGCACTCCGTCTCCTCCGTAAGAAAGCTATGTTGCGTAAGCTCAGTAAGGAGAGTGAAGACGGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1487 aa · LXL04_027062|LXL04_027062|OH1004|PROTEIN

MGDVVQYKLERMVPELDDLERRGLFTRREIAEIVKQRRKFEFRLVRPSPLKPDYLAYIDYEKSVDALRLLRKKAMLRKLSKESEDGEGTVRKPKMKQSVSDFSMISRIVDIYRHATNRFKGDIQLWFQYLEFCRQRRNGHMKKVLAQVIRFHPKVPGVWIYAASWEFDHNLNSTAARALMQSGLRSCPTSESLWVEYLRMELTYLNKLSARRSALGEDVAPLVKPHQNPEDKQWRDENKELFMPIEEETKDYQELDLQNE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027062`
TK1151 ID	TkA07G029270
OH-1004 ID	LXL04_027062
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.076 / OH-1004 43.241 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_027062`
位置	Chr06:8063330-8073566 (-)
描述	Similar to UTP6: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027062` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005694 chromosome 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0030686 90S preribosome 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0034388 Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:55813 mmu:216987 sce:YDR449C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.594

排名 1 · LXL04_027062 · OH-1004

细胞质0.442

排名 2 · LXL04_027062 · OH-1004

线粒体0.079

排名 3 · LXL04_027062 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_027062 · OH-1004

内质网0.035

排名 5 · LXL04_027062 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08640.18U3_assoc_69-84 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N283-413 aa

PF24892.2UTP6_C361-607 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding662-713 aa

PF08640.18U3_assoc_6847-922 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N1121-1251 aa

PF24892.2UTP6_C1199-1479 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027062	`PF08640.18`	U3_assoc_6	9	84	1.6e-50	169.6
LXL04_027062	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	283	413	2e-32	113.3
LXL04_027062	`PF24892.2`	UTP6_C	361	607	5.8e-49	168.1
LXL04_027062	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	662	713	1.8e-06	28.7
LXL04_027062	`PF08640.18`	U3_assoc_6	847	922	1.6e-50	169.6
LXL04_027062	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	1121	1251	2e-32	113.3
LXL04_027062	`PF24892.2`	UTP6_C	1199	1479	5.8e-49	168.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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