LXL04_027019 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027019

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 7075784-7079774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1650 bp · LXL04_027019|LXL04_027019|OH1004|cDNA

ATGGTGATTGTATCAGGTGCGACGGCTACTTGCTCGAAGGAGCATCAAAAAATCTATCAACAATGGTTCAACTATGCCGATTCAGATGGTGATGGGCGGGTAACAGGAGACGATGCAACGAAATTTTTTGCTATGTCGAATATTGAAAAATCCGAACTTAAACAGGTCTGGGCAATTGCAGATACCAAACGTCAAGGATTTTTAGGTTTTAAAGAGTTCATCACTGCTATGCAGTTGCTCTTTTTGGCACAAACAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1650 bp · LXL04_027019|LXL04_027019|OH1004|CDS

ATGGTGATTGTATCAGGTGCGACGGCTACTTGCTCGAAGGAGCATCAAAAAATCTATCAACAATGGTTCAACTATGCCGATTCAGATGGTGATGGGCGGGTAACAGGAGACGATGCAACGAAATTTTTTGCTATGTCGAATATTGAAAAATCCGAACTTAAACAGGTCTGGGCAATTGCAGATACCAAACGTCAAGGATTTTTAGGTTTTAAAGAGTTCATCACTGCTATGCAGTTGCTCTTTTTGGCACAAACAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

549 aa · LXL04_027019|LXL04_027019|OH1004|PROTEIN

MVIVSGATATCSKEHQKIYQQWFNYADSDGDGRVTGDDATKFFAMSNIEKSELKQVWAIADTKRQGFLGFKEFITAMQLLFLAQTGNEITAESLRTGVDLEFLQPPHMEGLDSLLVKNSDSRTNGVQETYGSLTGQLVPPKNLFTSKLNKKTPHHASLGKVTSIIDGLKKLYNEKLKPLEVAYRYNDFASPLLTNSDFDAKPMVMLLGQYSTGKTTFIKHILKTNYPGAHIGPEPTTDRFIVVMGGPDDRSVPGNTIAVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027019`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027019

位置 Chr06:7075784-7079774 (+)

描述 Similar to EHD1: EH domain-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20290`	参与胞吞正向调节。	AtEHDs, novel Arabidopsis EH-domain-containing proteins involved in endocytosis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03571.x EHD1 functions in endosomal recycling and confers salt tolerance.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0054533
`At4g05520`	参与内吞作用的负调控，可能通过影响肌动蛋白组织。	AtEHDs, novel Arabidopsis EH-domain-containing proteins involved in endocytosis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03571.x The coiled-coil domain of EHD2 mediates inhibition of LeEix2 endocytosis and signaling.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0007973

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027019 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0006907 pinocytosis 生物过程

GO:0010886 positive regulation of cholesterol storage 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0034383 low-density lipoprotein particle clearance 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0050731 positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20290

ath:AT4G05520

hsa:30844

mmu:98878

rno:293692

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.567

排名 1 · LXL04_027019 · OH-1004

细胞膜0.262

排名 2 · LXL04_027019 · OH-1004

细胞核0.184

排名 3 · LXL04_027019 · OH-1004

高尔基体0.120

排名 4 · LXL04_027019 · OH-1004

内质网0.095

排名 5 · LXL04_027019 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12763.14EH14-88 aa

PF13499.13EF-hand_717-78 aa

PF16880.11EHD_N167-199 aa

PF00350.30Dynamin_N204-364 aa

PF01926.30MMR_HSR1204-363 aa

PF18150.7DUF5600439-540 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027019	`PF12763.14`	EH	14	88	9.7e-12	45.4
LXL04_027019	`PF13499.13`	EF-hand_7	17	78	1.9e-07	32.0
LXL04_027019	`PF16880.11`	EHD_N	167	199	2.2e-16	60.2
LXL04_027019	`PF00350.30`	Dynamin_N	204	364	6.3e-15	56.3
LXL04_027019	`PF01926.30`	MMR_HSR1	204	363	7.1e-09	36.5
LXL04_027019	`PF18150.7`	DUF5600	439	540	1e-37	129.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94CF0`	拟南芥	EH domain-containing protein 1	74.234%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B3LF48`	拟南芥	EH domain-containing protein 2	73.112%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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