LXL04_026980 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026980

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 6431222-6433583 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

993 bp · LXL04_026980|LXL04_026980|OH1004|cDNA

ATGATAATCCGAAGTCTCCCAAAACCATCTATTCAATGTTTTATCTCCACAAATCCTTCCTTATCAAGTCTTCGTCTCCGCCCTACCTATCTCACCGGCGGCGCTGCAGGAACATTCAGAAACGCATTTGGAATCCATTTAAACGCACGTTCCGTATCAGCTTCATTGAGGTCTTCAGCAACTAAACAGCTCGATGATGTGTTATCTGCTAAGGAGGACGATCATGGAGGTGTGATAGTCGAAATATCTACAGATCCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · LXL04_026980|LXL04_026980|OH1004|CDS

ATGATAATCCGAAGTCTCCCAAAACCATCTATTCAATGTTTTATCTCCACAAATCCTTCCTTATCAAGTCTTCGTCTCCGCCCTACCTATCTCACCGGCGGCGCTGCAGGAACATTCAGAAACGCATTTGGAATCCATTTAAACGCACGTTCCGTATCAGCTTCATTGAGGTCTTCAGCAACTAAACAGCTCGATGATGTGTTATCTGCTAAGGAGGACGATCATGGAGGTGTGATAGTCGAAATATCTACAGATCCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

330 aa · LXL04_026980|LXL04_026980|OH1004|PROTEIN

MIIRSLPKPSIQCFISTNPSLSSLRLRPTYLTGGAAGTFRNAFGIHLNARSVSASLRSSATKQLDDVLSAKEDDHGGVIVEISTDPMDSILFTCLLKASIEQWKQQGKKGVWLRLPIQLANLIEPAVNEGFYYHHAEKDYLMLVYWIPATINTLPANATHRVGVGAFVMKENGEVLVVQEKGGKMKGTGVWKFPTGVVDEGEDICDAAVREVKEETGIDAKFVEILAFRQSHKKFFGKSDLFFMCMLEPLSFHIQKQERE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026980`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026980

位置 Chr06:6431222-6433583 (+)

描述 Similar to NUDT2: Nudix hydrolase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47650`	可能介导某些核苷二磷酸衍生物的水解。	Comprehensive analysis of cytosolic Nudix hydrolases in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m503536200 Overexpression of an ADP-ribose pyrophosphatase, AtNUDX2, confers enhanced tolerance to oxidative stress in Arabidopsis plants.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03686.x
`At4g25434`	可能介导某些核苷二磷酸衍生物的水解。	暂无已核实直接文献
`At2g04450`	可能介导某些核苷二磷酸衍生物的水解。	暂无已核实直接文献
`At4g12720`	介导一些核苷二磷酸衍生物的水解。	Analysis of Arabidopsis growth factor gene 1 (GFG1) encoding a nudix hydrolase during oxidative signaling.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0183-y Salicylic acid-independent ENHANCED DISEASE SUSCEPTIBILITY1 signaling in Arabidopsis immunity and cell death is regulated by the monooxygenase FMO1 and the Nudix hydrolase NUDT7.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039982 AtNUDT7, a negative regulator of basal immunity in Arabidopsis, modulates two distinct defense response pathways and is involved in maintaining redox homeostasis.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.103374
`At5g47240`	可能介导某些核苷二磷酸衍生物的水解（通过相似性推测）。	Functional characterization of a Nudix hydrolase AtNUDX8 upon pathogen attack indicates a positive role in plant immune responses.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0114119

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010581 regulation of starch biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0070212 protein poly-ADP-ribosylation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0080151 positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G04450

ath:AT4G12720

ath:AT4G25434

ath:AT5G47240

ath:AT5G47650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.648

排名 1 · LXL04_026980 · OH-1004

线粒体0.405

排名 2 · LXL04_026980 · OH-1004

细胞质0.047

排名 3 · LXL04_026980 · OH-1004

细胞核0.035

排名 4 · LXL04_026980 · OH-1004

过氧化物酶体0.012

排名 5 · LXL04_026980 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18290.8Nudix_hydro68-147 aa

PF00293.35NUDIX160-276 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026980	`PF18290.8`	Nudix_hydro	68	147	1.2e-29	102.8
LXL04_026980	`PF00293.35`	NUDIX	160	276	4.7e-26	92.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B74`	拟南芥	Nudix hydrolase 2	58.993%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NPD7`	拟南芥	Nudix hydrolase 10	56.827%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJC4`	拟南芥	Nudix hydrolase 6	52.632%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SU14`	拟南芥	Nudix hydrolase 7	49.624%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L7W2`	拟南芥	Nudix hydrolase 8	44.918%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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