LXL04_026915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 5278594-5282244 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · LXL04_026915|LXL04_026915|OH1004|cDNA

ATGACAGAATTTCTGGATTTAGAAACCCAAGACGCCGTCCGGATGCCATGGAACGTACTCCCGGGAACGAAACAAGAGGCCGCGCAATGCATCATCCCCATCTCCGCCATCTACACACCTCTCAAACCATTACCCAAAACCACCCCTCTCCTCCCTTACTCCCCTCTCCGCTGCCGGAATTGCCGATCGATCCTCAACCCATTCTCAATCGTCGATTTCTCCACCAAAATATGGATCTGCTCATTCTGCCTCCACCGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2304 bp · LXL04_026915|LXL04_026915|OH1004|CDS

ATGACAGAATTTCTGGATTTAGAAACCCAAGACGCCGTCCGGATGCCATGGAACGTACTCCCGGGAACGAAACAAGAGGCCGCGCAATGCATCATCCCCATCTCCGCCATCTACACACCTCTCAAACCATTACCCAAAACCACCCCTCTCCTCCCTTACTCCCCTCTCCGCTGCCGGAATTGCCGATCGATCCTCAACCCATTCTCAATCGTCGATTTCTCCACCAAAATATGGATCTGCTCATTCTGCCTCCACCGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

767 aa · LXL04_026915|LXL04_026915|OH1004|PROTEIN

MTEFLDLETQDAVRMPWNVLPGTKQEAAQCIIPISAIYTPLKPLPKTTPLLPYSPLRCRNCRSILNPFSIVDFSTKIWICSFCLHRNHFPHHYQSITEDNLPAELFPQYTTIEYELQNEKPPSPITSQVFLFVVDTCIIEEEIGFLRSGLSRAIGEIPGNSLVGLITFGRYVCVHELGFFGKIPKVYVFNGSKEISKDQVLEQMGFFLKKARPATGGGPGTRDGHLQDNVSRFLLPASECEFAVNSVLDELQRDAWPVPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026915`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026915

位置 Chr06:5278594-5282244 (-)

描述 Similar to SEC23: Protein transport protein SEC23 (Magnaporthe oryzae (strain 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21630`	Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g05520`	Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g23660`	被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。	暂无已核实直接文献
`At4g14160`	被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030127 COPII vesicle coat 细胞组分

GO:0070971 endoplasmic reticulum exit site 细胞组分

GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05520

ath:AT2G21630

ath:AT3G23660

ath:AT4G14160

mgr:MGG_06910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.617

排名 1 · LXL04_026915 · OH-1004

高尔基体0.245

排名 2 · LXL04_026915 · OH-1004

细胞核0.157

排名 3 · LXL04_026915 · OH-1004

溶酶体／液泡0.144

排名 4 · LXL04_026915 · OH-1004

内质网0.097

排名 5 · LXL04_026915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04810.21zf-Sec23_Sec2455-93 aa

PF04811.22Sec23_trunk128-394 aa

PF08033.18Sec23_BS405-510 aa

PF04815.21Sec23_helical524-622 aa

PF00626.28Gelsolin638-724 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026915	`PF04810.21`	zf-Sec23_Sec24	55	93	3e-16	59.9
LXL04_026915	`PF04811.22`	Sec23_trunk	128	394	2.1e-57	195.2
LXL04_026915	`PF08033.18`	Sec23_BS	405	510	2.9e-22	79.8
LXL04_026915	`PF04815.21`	Sec23_helical	524	622	6e-25	87.7
LXL04_026915	`PF00626.28`	Gelsolin	638	724	5.7e-14	52.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIJ7`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 C	64.629%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H0S3`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 B	60.719%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUG1`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 E	61.378%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VXX0`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 F	60.052%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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