LXL04_026801 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026801

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3067132-3068566 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · LXL04_026801|LXL04_026801|OH1004|cDNA

ATGGCTAATCCGCAATCCATTTCGGATCCTTACGAACACCTCAATATTACACAAAACCCTGATGGGTCATTGACCCGACTCAACCAGGTTCCAACCATACATGCCACACCAGAACTCACAACTGATTCCCAACTTGCTCTGTCCAAAGACATACCACTTAACACCACCAACGCCACCTTCATCCGCCTATTCCGCCCCGTGTCACCACCACCAACAACCACTAAGAACCTCCCAATCATTATCTTCTTCCATGGTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · LXL04_026801|LXL04_026801|OH1004|CDS

ATGGCTAATCCGCAATCCATTTCGGATCCTTACGAACACCTCAATATTACACAAAACCCTGATGGGTCATTGACCCGACTCAACCAGGTTCCAACCATACATGCCACACCAGAACTCACAACTGATTCCCAACTTGCTCTGTCCAAAGACATACCACTTAACACCACCAACGCCACCTTCATCCGCCTATTCCGCCCCGTGTCACCACCACCAACAACCACTAAGAACCTCCCAATCATTATCTTCTTCCATGGTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · LXL04_026801|LXL04_026801|OH1004|PROTEIN

MANPQSISDPYEHLNITQNPDGSLTRLNQVPTIHATPELTTDSQLALSKDIPLNTTNATFIRLFRPVSPPPTTTKNLPIIIFFHGGGFILFSATSLPFHNSCAAISAQSLAIVISVEYRLAPEHRLPAAYDDAMDAMLWVRDQALGINGRDEWLAEHADFSKVYLMGSSAGGNIVYNAGLRALDIDLSPINIIGLIMNEAFFGGIERTESELRLANDHIVPLTVCDLMWSLALPKGSYSGDPLVDRQKEFANMLEAHGVH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026801`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026801

位置 Chr06:3067132-3068566 (-)

描述 Similar to CXE8: Probable carboxylesterase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45600`	对不同脂肪酸链长度的酯类发挥作用的羧基酯酶。	暂无已核实直接文献
`At5g62180`	羧酸酯酶，在体外具有合成底物对硝基苯乙酸酯的酯酶活性。	Arabidopsis Carboxylesterase 20 Binds Strigolactone and Increases Branches and Tillers When Ectopically Expressed in Arabidopsis and Maize.2021 · DOI: 10.3389/fpls.2021.639401 Structural insights into strigolactone catabolism by carboxylesterases reveal a conserved conformational regulation.2024 · DOI: 10.1038/s41467-024-50928-3

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026801 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:1901600 strigolactone metabolic process 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0043722 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase activity 分子功能

GO:0106435 carboxylesterase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AFB74618

ath:AT2G45600

ath:AT5G62180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.756

排名 1 · LXL04_026801 · OH-1004

细胞核0.322

排名 2 · LXL04_026801 · OH-1004

质体0.063

排名 3 · LXL04_026801 · OH-1004

内质网0.063

排名 4 · LXL04_026801 · OH-1004

过氧化物酶体0.053

排名 5 · LXL04_026801 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20434.6BD-FAE70-181 aa

PF10340.16Say1_Mug18075-177 aa

PF07859.20Abhydrolase_380-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026801	`PF20434.6`	BD-FAE	70	181	8.2e-13	49.1
LXL04_026801	`PF10340.16`	Say1_Mug180	75	177	1.1e-06	28.5
LXL04_026801	`PF07859.20`	Abhydrolase_3	80	235	5e-41	141.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64640`	拟南芥	Probable carboxylesterase 8	50.448%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LVB8`	拟南芥	Carboxylesterase 20	42.724%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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