LXL04_026771 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026771

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2690726-2693618 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1449 bp · LXL04_026771|LXL04_026771|OH1004|cDNA

ATGGATCTGAACGGTTTTCTGGAACGTATGGGCTCTACCATTGCTGTTCGAGGAACTGATGGATGCACCGATCAACAGTTTTCTTACTTATTCGTCATGGTTTTTGAGGTTTATGATCGTGGAAAAGATATGATCACGAAAACAGCTAGAAGCTTCTCGGTGAAGAAAGACACGTCGGTTTTCAAGAGGCTTGAAAACAGAAATCAAGAAAACATCGCAAGAAGTCATCATCAATCAAAAAGTCAAAATCTGGTCTGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1449 bp · LXL04_026771|LXL04_026771|OH1004|CDS

ATGGATCTGAACGGTTTTCTGGAACGTATGGGCTCTACCATTGCTGTTCGAGGAACTGATGGATGCACCGATCAACAGTTTTCTTACTTATTCGTCATGGTTTTTGAGGTTTATGATCGTGGAAAAGATATGATCACGAAAACAGCTAGAAGCTTCTCGGTGAAGAAAGACACGTCGGTTTTCAAGAGGCTTGAAAACAGAAATCAAGAAAACATCGCAAGAAGTCATCATCAATCAAAAAGTCAAAATCTGGTCTGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

482 aa · LXL04_026771|LXL04_026771|OH1004|PROTEIN

MDLNGFLERMGSTIAVRGTDGCTDQQFSYLFVMVFEVYDRGKDMITKTARSFSVKKDTSVFKRLENRNQENIARSHHQSKSQNLVCKYWREGRCTRNPCKFKHPDEENCKPKNVWKNPDAFKSRHSPPIEKTQAKVVKNKENNFNLNQNVENTQKKSLTNEVKNSESKNIQNKNIKNLHLGSCGDEISMVTCLEGQTKGITGIALPAGSNKLFCGSKDKSLRVWDCNSGQCGGVVDFDDECGTLVNESQWIFVGLRNMIK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026771`
TK1151 ID	TkA07G006590
OH-1004 ID	LXL04_026771
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.652 / OH-1004 91.079 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026771

位置 Chr06:2690726-2693618 (-)

描述 Similar to Os02g0677700: Zinc finger CCCH domain-containing protein 17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25440`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 48。	暂无已核实直接文献
`At5g51980`	含锌指CCCH结构域蛋白63。	暂无已核实直接文献
`At5g49200`	含锌指 CCCH 域蛋白 62。	暂无已核实直接文献
`At5g40880`	含锌指CCCH结构域蛋白59。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0677700`	含锌指CCCH结构域蛋白17。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25440

ath:AT5G40880

ath:AT5G49200

ath:AT5G51980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · LXL04_026771 · OH-1004

细胞核0.437

排名 2 · LXL04_026771 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_026771 · OH-1004

线粒体0.060

排名 4 · LXL04_026771 · OH-1004

内质网0.058

排名 5 · LXL04_026771 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175.2Beta-prop_WDR5186-231 aa

PF00400.39WD40190-225 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3191-366 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st197-358 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2202-394 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st220-366 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz246-398 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st251-433 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026771	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	186	231	2.2e-25	90.3
LXL04_026771	`PF00400.39`	WD40	190	225	9e-25	86.7
LXL04_026771	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	191	366	2e-31	109.7
LXL04_026771	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	197	358	2.2e-22	80.3
LXL04_026771	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	202	394	6e-08	33.1
LXL04_026771	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	220	366	1.2e-13	51.9
LXL04_026771	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	246	398	4.2e-16	59.8
LXL04_026771	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	251	433	1.7e-29	103.5
LXL04_026771	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	255	476	2.2e-22	80.3
LXL04_026771	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	257	365	2.2e-25	90.3
LXL04_026771	`PF24814.2`	WD40_Prp19	286	366	1.3e-22	80.9
LXL04_026771	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	286	476	2.4e-14	53.9
LXL04_026771	`PF24796.2`	WDR55	286	434	7.9e-12	45.5
LXL04_026771	`PF23754.2`	Beta-prop_IP5PC_F	287	368	8e-08	32.3
LXL04_026771	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	309	389	1.6e-14	54.6
LXL04_026771	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	313	402	1.2e-09	38.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNZ2`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 48	39.618%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNZ1`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 63	38.605%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FE91`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 62	45.246%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKR9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 59	41.994%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0DYP5`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 17	40.618%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情