LXL04_026698 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026698

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 1553573-1558337 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1797 bp · LXL04_026698|LXL04_026698|OH1004|cDNA

ATGAAGGTAATTGAGAAGATTTTGGAGTCTACGGCGGCCGGAGATGCCGGAAAGGTTGTGTTTTCCTTCGAATTCTTCCCTCCCAAGACGGAGGAAGGTGTCGAGAATCTGTTCGAAAGGATGGAGCGTATGGTAGCTCACAATCCTACATTTTGCGATATCACATGGGGTGCCGGTGGTACCACGGCGGACCTGACTTTGGAAATAGCAAGAAGGATGCAGAACATGGTGTGTGTGGAGACTATGATGCATTTGACGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1797 bp · LXL04_026698|LXL04_026698|OH1004|CDS

ATGAAGGTAATTGAGAAGATTTTGGAGTCTACGGCGGCCGGAGATGCCGGAAAGGTTGTGTTTTCCTTCGAATTCTTCCCTCCCAAGACGGAGGAAGGTGTCGAGAATCTGTTCGAAAGGATGGAGCGTATGGTAGCTCACAATCCTACATTTTGCGATATCACATGGGGTGCCGGTGGTACCACGGCGGACCTGACTTTGGAAATAGCAAGAAGGATGCAGAACATGGTGTGTGTGGAGACTATGATGCATTTGACGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

598 aa · LXL04_026698|LXL04_026698|OH1004|PROTEIN

MKVIEKILESTAAGDAGKVVFSFEFFPPKTEEGVENLFERMERMVAHNPTFCDITWGAGGTTADLTLEIARRMQNMVCVETMMHLTCTNMPVEKIDHALETIKKDGIQNVLALRGDPPRGQDKFVQIQGGFACALDLVEHIRKSYDDYFGIAVAGYPEAHPEVIESNGLATPDAYQKDLAYLKKKVDAGADVIVTQLFYDVENFLKFVNDCRQIGITCPIVPGIMPINNYNGFIRMTGFCKTRIPSEITAALEPIKDNEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026698`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026698

位置 Chr06:1553573-1558337 (+)

描述 Similar to Methylenetetrahydrofolate reductase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59970`	植物中 MTHFR 反应可能的可逆性表明，它们可以将 5,10-亚甲基四氢叶酸的甲基代谢为丝氨酸、糖类和淀粉。	暂无已核实直接文献
`At2g44160`	植物中 MTHFR 反应可能的可逆性表明，它们可以将 5,10-亚甲基四氢叶酸的甲基代谢为丝氨酸、糖类和淀粉。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0815200`	植物中 MTHFR 反应可能的可逆性表明，它们可以将 5,10-亚甲基四氢叶酸的甲基代谢为丝氨酸、糖类和淀粉。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026698 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006555 methionine metabolic process 生物过程

GO:0009086 methionine biosynthetic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0033274 response to vitamin B2 生物过程

GO:0035999 tetrahydrofolate interconversion 生物过程

GO:0043200 response to amino acid 生物过程

GO:0046500 S-adenosylmethionine metabolic process 生物过程

GO:0050667 homocysteine metabolic process 生物过程

GO:0051593 response to folic acid 生物过程

GO:0070555 response to interleukin-1 生物过程

GO:0070828 heterochromatin organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G44160

ath:AT3G59970

hsa:4524

zma:118474709

zma:541794

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.732

排名 1 · LXL04_026698 · OH-1004

细胞核0.269

排名 2 · LXL04_026698 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_026698 · OH-1004

线粒体0.078

排名 4 · LXL04_026698 · OH-1004

内质网0.071

排名 5 · LXL04_026698 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02219.24MTHFR15-304 aa

PF21895.2MTHFR_C313-592 aa

PF21897.2DUF6919394-496 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026698	`PF02219.24`	MTHFR	15	304	1.8e-121	405.6
LXL04_026698	`PF21895.2`	MTHFR_C	313	592	3.1e-88	296.7
LXL04_026698	`PF21897.2`	DUF6919	394	496	9.1e-09	36.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SE60`	拟南芥	Methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) 1	75.462%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80585`	拟南芥	Methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) 2	76.471%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75HE6`	水稻	Probable methylenetetrahydrofolate reductase (NADH)	76.846%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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